Apie 9 tūkst. metų pr. m. e. į šią vietovę atsikraustė baltų gentys. XX a. viduryje aptikta šiuose kraštuose gyvenusių jotvingių senovinė gyvenvietė, netoli Suvalkų esančioje Šveicarijos gyvenvietėje. Šioje vietoje yra ir Jotvingių pilkapio draustinis. XIII a.jotvingių gentys sunyko dėl dažnų kryžiuočių puldinėjimų. Pavadinimas sako, kad šioje vietoje kryžiuočiai rengdavo pastovį – suwalk.
Po trečiojo Lietuvos-Lenkijos valstybės padalijimo 1796 m. atiteko Prūsijai. 1803 m. naujoji miesto valdžia leido mieste apsigyventi žydų bendruomenei. 1804 m. Suvalkai perduoti Napoleono įkurtai Varšuvos kunigaikštystei. 1815 m. atiteko Rusijos imperijai, buvo autonominės Lenkijos karalystėsAugustavo vaivadijos (1815–1837 m.), Augustavo gubernijos (1837–1915 m.) centras. 1827 m. mieste gyveno 3,753 ir buvo 357 namai. 1829 m. mieste pradėjo veikti paštas. 1835 m. mieste įsteigta miesto policija. 1847 m. buvo išleistas įsakymas draudžiantis statyti medinius namus miesto centre. 1857 m. mieste gyveno 11,273 gyeventojai, o 1872 m. apie 20,000 gyventojų. XIX a. viduryje tai buvo ketvirtas pagal dydį miestas Lenkijos Kongreso karalystėje. 1897 m. dislokuotas rusų garnizonas, kuriame buvo apie 10,000 kareivių. Istorinis etninės Lietuvos miestas, lietuvių kultūros centras XIX a., nuo kurio pavadinimo visa Lietuvos Užnemunė sinonimiškai vadinama Suvalkija, o jos gyventojai suvalkiečiais. 1915 m. miestą užėmė vokiečiai ir prijungė prie Oberosto.
Per II pasaulinį karą iš pradžių miestą užėmė sovietai, o vėliau vokiečiai, kuriems sovietai perdavė miestą 1939 m. spalio 12 dieną. Miestas buvo pervadintas į Sudauen ir prijungtas prie Rytų Prūsijos. Kživulkos gyvenvietėje netoli Suvalkų buvo laikomi apie 120,000 sovietų karo belaisvių. 1944 m. spalio 23 d. miestą užėmė Raudonoji armija. Per miesto puolimą žuvo apie 5000 sovietų karių.
Pokaris
Po karo iki 1950 m. miesto apylinkėse prieš komunistinės Lenkijos valdžią kovojo nemažai partizanų. 1945 m. sausio 7 dieną mieste atidarytas kino teatras Bałtyk. 1970 m. mieste gyveno 36,000 gyventojai. 1974 m. gegužės 10 d. mieste pradėta rodyti TVP1 televizija. 1975 m. miestas tapo Suvalkų vaivadijos centru. Ši vaivadija buvo antra pagal dydį Lenkijoje. 1999 m. panaikinus vaivadiją, miestas tapo Palenkės vaivadijos, Suvalkų apskrities centru. Lenkijai įstojus į Europos Sąjunga, mieste pradėti istorinių pastatų ir vietovių tvarkymo ir atstatymo darbai.