1920 m. liepos 7 d. paskirtas mokomosios eskadrilės adjutantu. 1920 m. lapkričio 20 d. paskirtas Linksmadvario lakūnų bazės komendantu. 1921 m. baigė aviacijos karininkų kursus. 1922 m. lapkričio 1 d. perkeltas į 2 oro eskadrilę, paskirtas Švietimo komisijos pirmininku. 1923 m. liepos 1 d. paskirtas eskadrilės komandos viršininku.
1923 m. pradėjo skraidyti naujai įsigyti Ansaldo SVA.10, ant jam priskirto lėktuvo šono, įkvėptas tuo metu skraitytos knygos pats nusipiešė skiriamąjį ženklą – indėno galvą, kuri vienoje pusėje žiūrėjo į lektuvo priekį, kitoje – į uodegą.[1] Teigiama, kad savo karjeros pabaigoje S. Stanaitis buvo daugiausiai skraidęs Lietuvos karo aviacijos pilotas.[2]
1928 m. vasario 16 d. pakeltas į kapitonus. Skraidė įvairių tipų kariniais lėktuvais. Patyrė keletą sunkių avarijų. Pirma jų – 1920 m. lapkričio 19 d. skrendant lėktuvu Albatros C.IIIb. 1928 m. liepos 18 d. grupinio skrydžio metu jo pilotuotas Ansaldo SVA.10 (Nr. 802) virš Julijanavos dvaroFredoje susidūrė ore su vyr. puskarininkio Miko Mažono ir vyr. leitenanto Jono Tumelio pilotuojamu tokiu pat SVA.10. Stipriai pažeistas S. Stanaičio lėktuvas avariniu būdu nusileido ant Kauno Trečiojo forto pylimo ir buvo nepataisomai sudaužytas, o jo pilotas S. Stanaitis ir žvalgas ltn. Jurgis Kopukovas – sunkai sužeisti.[3]
1930 m. vasario 17 d. gydytojų komisijos sprendimu pripažintas karo invalidu ir paleistas į atsargą, jam paskirta 350 litų pensija. Dirbo firmos „Studebaker“ atstovu Lietuvoje. Mėgo automobilius, pirmą jų įsigijo 1928 m., iki 1940 m. pakeitė 18 automobilių.[2] 1935 m. Vilijampolėje pasistatė dviejų aukštų namą.[2]