Rapolas Kalinauskas gimė matematikos profesoriaus Andriaus Kalinausko ir Juzefos Polonskos šeimoje. 9 metų pradėjo mokytis Vilniaus aukštuomenės institute, nuo 1851 m. studijavo Žemės ūkio akademijoje Gori-Gorkuose, vėliau Peterburgo karo ir inžinerijos akademijoje, kurią baigė 1859 m., leitenantas. Trumpai tarnavo carinėje Rusijos kariuomenėje, iš kurios pasitraukė, dalyvavo 1863 m. Lietuvos ir Lenkijos sukilime. Vilniaus srities karo ministras.
1877 m. liepos 15 d. Rapolas Kalinauskas įstojo į Basųjų karmelitų vienuoliją. Novicijus Grace (Austrija), nuo lapkričio 26 d. vienuolis karmelitas (brolis šv. Juozapo Rapolas).
