2006–2013 m. Tarptautinio tyrimų projekto „Religioese Erinnerungsorte in Ostmitteleuropa“ (koordinuoja Fachkommission Religions- und Kirchengeschichte im Herder-Forschungsrat (Verbindung), Historischen Kommission (Silezija), Pasau ir Štutgarto universitetai) vykdytojas.
1997–2000 m. Tarptautinio tyrimų projekto „Aufbruch: krikščionių bažnyčių Rytų Europoje padėtis iki komunistinio režimo ir po jo“ (koordinavo asosiacacija Pastorales Forum, Austrija) vykdytojas.
2009–2011 m. Nacionalinės lituanistikos plėtros 2009–2015 metų programos mokslo projekto „Bažnyčios akistata su modernybe: neprakalbinti XIX a. Lietuvos istorijos šaltiniai“ vadovas.
2013–2015 m. Nacionalinės lituanistikos plėtros 2009–2015 metų programos mokslo projekto „Krikščionys Lietuvoje prieš ir po Atgimimo“ vadovas.
2017–2019 m. Nacionalinės mokslo programos "Modernybė Lietuvoje" projekto „„Pavasario balsų“ mikroistorija: lietuviškų tekstų modernėjimo genetinė rekonstrukcija“ vadovas.
2021–2023 m. Valstybinės lituanistinių tyrimų ir sklaidos 2016–2024 metų programos projekto "Tekstas kaip gyvatvorė" vadovas.
Veikla žiniasklaidos priemonėse
Nuo 1991 m. nuolatinis mėnraščio „Naujasis Židinys-Aidai“ bendradarbis ir redakcinės kolegijos narys. 1993–1997 m. Laisvės radijo, 1993–2004 m. Laisvosios Europos radijo, 1994–2006 m. katalikų radijo „Mažosios studijos“ religijos ir kultūros apžvalgininkas. Nuo 2006 m. „LKMA metraščio“, 2006 m. „Variants“ (Amsterdam: Rodopi), nuo 2007 m. „Bažnyčios istorijos studijų“ redakcinių kolegijų narys.
Kontroversijos
Oponentų (Laisvūno Šopausko, Vytauto Sinicos, Vytauto Radžvilo, Vytauto Daujočio ir kt.) vadinamas „neoliberalios“ arba „simuliakrinės“ krikščionybės apologetu. Teigiama, esą buvo aktyvus komjaunuolis [2], atkreipiamas dėmesys, kad buvo vienas pagrindinių 2009 m. Mokslo ir studijų įstatymo, įvedusio studijų „krepšelį“, rengėjų.[3][4] Jūratė Laučiūtė yra jį apkaltinusi vulgarios, necenzūrinės leksikos palaikymu.[5] Filosofijos fakulteto dėstytojai Kęstutis Dubnikas ir Albinas Plėšnys 2018 08 06 apskundė Pauliaus Subačiaus įrašus socialiniame tinkle, esą juose jis "sistemingai tyčiojasi iš Universiteto Filosofijos fakulteto studento Vytauto Vyšniausko", VU Centrinei akademinės etikos komisijai.[6] Komisija 2018 10 12 nusprendė, kad apskųstieji Pauliaus Subačiaus veiksmai "nesudaro akademinės etikos pažeidimo, numatyto Vilniaus universiteto Akademinės etikos kodekse, sudėties".
Bibliografija
Iki 2024 m. parašė arba parengė 17 filologinės ir istorinės tematikos knygų; paskelbė daugiau kaip 170 mokslinių straipsnių ir šaltinių publikacijų, per 400 recenzijų, apžvalgų ir komentarų; perskaitė per 140 pranešimų mokslinėse konferencijose; parengė per 220 viešų paskaitų, radijo komentarų ir kitokių kultūros ir mokslinės lituanistikos sklaidos priemonių.[7]
Monografijos ir studijos
Lietuvių tapatybės kalvė: Tautinio išsivadavimo kultūra: Monografija, Vilnius: Aidai, 1999.
Tekstologija: Teorijos ir praktikos gairės, Vilnius: Aidai, 2001.
Krikščionybės istorija Lietuvoje, Vilnius: Aidai, 2006 (bendrautoris). Vertimas: Dzieje chrześcijaństwa na Litwie, tł. Katarzyna Korzeniewska, Warszawa: Państwowy Instytut Wydawniczy, 2014.
Antanas Baranauskas: gyvenimo tekstas ir tekstų gyvenimai, Vilnius: Aidai, 2010.
Dvidešimt penkeri religinės laisvės metai: Monografija, 2 d., Vilnius: LKMA, Naujasis Židinys-Aidai, 2015.
Svarbiausios parengtos knygos
Silvestras Gimžauskas, Lietuvos Bicziuolis, parengė, įvadą, komentarus ir žodynėlį parašė Paulius Subačius, Vilnius: Aidai, 1996.
Laisvė lietuviškojoje idėjų istorijoje: „Vinco Kudirkos skaitymų“ medžiaga, parengė Paulius Subačius, Vilnius: Aidai, 1997.
Jurgis Matulaitis, Užrašai, įvadą parašė Vaclovas Aliulis, tekstus, komentarus ir rodykles parengė Paulius Subačius, Vilnius: Aidai, 1998 (ser. Fontes Historiae Marianorum, 4), antras leid. 2022.
Šiek tiek iš šalies: Esė apie Lietuvą ir Europą, sud. Paulius Subačius, Vilnius: Inter Nos, 2002.
Kunigas: Vilniaus arkivyskupo kardinolo Audrio Juozo Bačkio tarnystės penkiasdešimtmečiui: Mokslinių straipsnių ir esė rinkinys, sud. Paulius Subačius, Vilnius: LKMA, 2011.
Balys Vaičėnas, Partizano sąsiuviniai: Lokio rinktinės vado dienoraštis, laiškai, manifestaciniai tekstai, parengė Klaudijus Driskius, Rita Mozūraitė, Paulius V. Subačius, Vilnius: Tautos paveldo tyrimai, 2013.
Jurgis Matulaitis, Pranciškus Petras Būčys, Laiškų dialogas, parengė Paulius Subačius, Vilnius: LKMA, 2016 (ser. Fontes Historiae Marianorum, 23).
Maironis. Pavasario balsai: Skaitmeninis archyvas ir gentinis kritinis leidimas = The Voices of Spring: A Digital Archive and a Scholarly Edition, parengė Paulius V. Subačius (vyr. red.), Jurgita Venckienė, Magdalena Slavinska, Dovilė Gervytė, Vilnius: VU leidykla, 2020.
Apdovanojimai
Antano Baranausko premijos įteikimo akimirka
1998 ir 2003 m. Valstybinė mokslininko stipendija.
