1909 m. L. Bronišas pats parengė bažnyčios projektą ir išrūpino valdžios leidimą jos statybai. 1910 m. spalio 17 d. Budrių bažnyčios kunigas Felicijonas Lelis pašventino bažnyčios pamatų kertinį akmenį.[1] Miško medžiagą statybai ir lėšas jai parsigabenti davė fundatoriai Liucijonas ir Emilija Bronišai, o statybininkams už darbą mokėjo aplinkinių kaimų ūkininkai. 1911 m. bažnyčia baigta statyti ir konsekruota Šv. Juozapo titulu.[2]
Nuo 1913 m. bažnyčios vidaus įrengimu ir aplinkos tvarkymu rūpinosi Mikoliškių dvaro paveldėtojas Juozas Bronišas. Bažnyčios šventorius buvo apsodintas medžiais ir aptvertas, priešais pastatyta varpinė, 1935–1936 m. pastatyti šoniniai Švč. Marijos ir Šv. Barborosaltoriai, o 1940 m. iš Budrių bažnyčios atvežtas didysis Šv. Juozapo altorius. Šalia bažnyčios pastatytame name įsikūrė klebonija. Bažnyčiai priklausė apie 30 ha žemės.
1936 m. parapija jungė 833 tikinčiuosius, o šiuo metu jai priklauso per 500 tikinčiųjų.
Nuo XX a. vidurio bažnyčia nuolatinio kunigo neturi, ją aptarnauja Gargždų parapijos kunigai. Mikoliškių parapija priklauso Telšių vyskupijosPalangos dekanatui.
2005 m. Mikoliškių šv. Juozapo bažnyčios pastatų kompleksas paskelbtas valstybės saugomu kultūros paveldo objektu.[4]
Architektūra
Bažnyčia savitos architektūros, suręsta iš apvalių medinių rąstų, turinti neogotikos bruožų, vienabokštė, stačiakampio plano, trinavė, su zakristijos priestatėliu kairėje. Stogo priekis laužyto kontūro, su spyrinėmis konstrukcijomis. Frontoną puošia šešiakampės žvaigždės formos langas. Viduje įrengti 4 altoriai.
Šventoriaus kampuose stovi 4 mūrinės koplytėlės, o priešais bažnyčią – 3 tarpsnių medinė varpinė ir kryžius.