Pirmojo pasaulinio karo pradžioje persikėlė į Vilnių, kur aktyviai dalyvavo visuomeniniame gyvenime. 1916 m. birželio 10 d. kartu su kitais 18 bendraminčių pasiuntė okupacinei vokiečių valdžiai memorandumą, kuriame išdėstė lietuvių tautos siekį gyventi savarankiškoje valstybėje. Už tai Vilniaus vyskupijos valdytojas Kazimieras Michalkevičius kurį laiką uždraudė J. Stankevičiui vykdyti kunigo pareigas. Dalyvavo 1917 m. lietuvių Vilniaus konferencijoje ir buvo išrinktas į Lietuvos Tarybą, turėjusią skelbti šalies Nepriklausomybę. Išrinkus į Lietuvos Tarybą šešis kunigus, o socialistams joje teturint dvi vietas, pastarųjų vadovas Pranas Eidukevičius ėmė grasinti, kad jis atšauks savo partijos atstovus. Vardan vienybės Juozas Stankevičius iš Tarybos pasitraukė.