1890–1894 m. mokėsi Mintaujos gimnazijoje, bet, kai tėvas buvo priverstas emigruoti į Ameriką, nes grėsė ištrėmimas į Sibirą už draudžiamųjų lietuviškų raštų platinimą, perkeltas į Slucko gimnaziją (dab. Baltarusija), kurią lankė remiamas Evangelikų reformatų bažnyčios sinodo ir dėdės Stanislovo Dagilio. Ją 1898 m. baigė sidabro medaliu ir nusiuntė dokumentus į Peterburgo universiteto Teisių fakultetą. Nors buvo priimtas, bet trūkstant lėšų studijuoti neišvyko. 1899 m. įstojo į Peterburgo istorijos ir filologijos institutą, kuris savo auklėtiniams duodavo materialinį išlaikymą. Studijavo istoriją ir senąsias graikų bei lotynų kalbas. Jo 1903 m. diplominis darbas apie Lietuvos miestų atsiradimą buvo labai gerai įvertintas, autorius gavo pasiūlymą likti institute rengtis profesūrai, tačiau turėjo atsisakyti šio pasiūlymo.
Jonas Yčas 1913 m.
Pasirinko gimnazijos mokytojo vietą universitetiniame Tomsko mieste, kur tikėjosi palankių sąlygų tolimesnėms istorijos studijoms. Be to, Sibire buvo mokami didesni atlyginimai, o reikėjo papildomų lėšų į mokslus leisti brolį Martyną. 1903–1908 m. Tomsko gimnazijos mokytojas ir savo įkurtos privačios gimnazijos direktorius, 1908–1916 m. Semipalatinsko gimnazijos inspektorius. Bet ir jo dvasiniai saitai su toli likusia tėvyne nebuvo nutrūkę. 1907 m. Vilniuje įsikūrus Lietuvių mokslo draugijai, tapo jos nariu, atostogų metu atvykdavo į metinius susirinkimus, susirašinėjo su jos pirmininku Jonu Basanavičium. Dalyvaudavo Evangelikų reformatų bažnyčios sinoduose, bendradarbiavo lietuviškoje spaudoje. 1908 m. Papilio evangelikų reformatų bažnyčioje susituokė su kunigo ir vertėjo Adolfo Neimano dukra Ona.[2][3]
Prasidėjus Pirmajam pasauliniam karui ryšiai su Lietuva nutrūko, todėl brolio Martyno Yčo, Valstybės dūmos atstovo, padedamas, 1916 m. persikėlė į Voronežą, kur buvo didelė lietuvių karo pabėgėlių kolonija ir veikė dvi M. Yčo įkurtos lietuvių gimnazijos. Dirbo rusų gimnazijos direktoriumi. 1917 m. Voroneže suorganizavo privatų Lietuvių mokytojų institutą, pirmąją lietuvių pedagogų rengimo ir tobulinimo įstaigą. 1917–1918 mokslo metais institutas turėjo 50 klausytojų, jiems paskaitas skaitė Jonas Jablonskis, Juozas Balčikonis ir kiti būsimieji profesoriai.
1918 m. birželio pabaigoje su karo pabėgėlių ešelonu grįžo į Lietuvą. Valstybės Taryba jį pakvietė vadovauti Švietimo komisijai, kuri rengė Lietuvos švietimo sistemos metmenis. 1918 m. lapkričio 11 d. pirmosios nepriklausomos Lietuvos vyriausybės, kuriai vadovavo Augustinas Voldemaras, švietimo ministerijos valdytojas. Brolis Martynas Yčas šioje vyriausybėje buvo finansų ministras. 1918 m. gruodžio pabaigoje sušaukė Vilniuje pirmąją nepriklausomos Lietuvos mokytojų konferenciją, kurioje svarstyti klausimai ir priimti nutarimai buvo reikšmingos gairės kuriant tautinę švietimo sistemą. 1919 m. kovo 12 d. – balandžio 12 d. Prano Dovydaičio vyriausybės švietimo ministras.
1925 m. Švietimo ministerijos paskirtas Klaipėdos krašto direktorijos decernentu (patarėju) švietimo reikalams iki 1927 m. spalio 31 d. nemažai nuveikė, stiprindamas lietuvybę Klaipėdos krašte, diegdamas ten lietuviškojo švietimo tradicijas.
