Aukštuosiuose Paneriuose yra Panerių geležinkelių mazgas, kuriame susikerta visos pagrindinės Vilnių pasiekiančios geležinkelio linijos – iš Kauno, Lydos, Minsko, Grigiškių, Žemųjų Panerių. Svarbus krovininių traukinių krovos, sąstatų sudarymo taškas. Taip pat veikia keleivinė Aukštųjų Panerių stotis, kurioje sustoja dalis traukinių, vykstančių maršrutu Vilnius–Kaunas, taip pat traukiniai, vykstantys tarp Vilniaus ir Trakų, Varėnos, Marcinkonių, Stasylų. Prie linijos į Lydą dar yra „Pušyno“ stotelė, bet joje traukiniai nebestoja.
Dėl kalvų, miškų apsupties ir pervažų per geležinkelius stygiaus susisiekimas su likusiu Vilniumi sudėtingas. Pramoninę Aukštųjų Panerių dalį prie Graičiūno gatvės aptarnauja 8 ir 25 maršrutų autobusai, atvykstantys iš Žemųjų Panerių. Prie geležinkelio mazgo priveža 8, 20, 51 ir 62 autobusai, toliau gyventojai pėsčiųjų estakada kerta bėgius. Už mazgo esanti dalis pasiekiama tik nuo Eišiškių plento pusės ateinančia Baltosios Vokės gatve, kuria kursuoja 9 autobusas, vežantis iki Zuikių gatvės arba Vaidotus[3]. Šios gatvės gyventojai seniau kelionę trumpindavo nutekamuoju vamzdžiu per geležinkelį.[4][5]
Vilniaus Paneriai paminėti jau 1390 m. Pradžioje labiau plėtėsi Žemieji Paneriai, buvę prie senojo Vilniaus–Trakų ir Vilniaus–Kauno kelio.
Aukštieji Paneriai pradėjo augti XIX a., tiesiant geležinkelį. Po I pasaulinio karo Aukštieji Paneriai plėtėsi kaip vasarvietė, 1939 m. gavo kurorto teises.[6] 1931 m. Panerių dvare gyveno 39, Panerių kaime – 70, o Panerių vasarvietėje (Novosiolkoje) – 106 gyventojai.[7]
1831 m. birželio 19 d. įvykusiame Panerių mūšyje generolo Antano Gelgaudo sukilėliai pralaimėjo spėjusiems persigrupuoti Rusijos imperijos kariuomenės daliniams. Prie išlikusios kapinių koplyčios buvo įsikūrusios centrinės rusų kariuomenės pozicijos: keturi batalionai vadovaujami D. Osten-Sakeno.
2001 m. birželio 6 d. žuvusiems sukilėliams atminti šalia baroko stiliaus Panerių kapinių koplyčios pastatytas paminklas žuvusiems sukilėliams atminti.
Tunelio statyba
Apie 1860 m. tiesiant geležinkelį pastatytas Panerių tunelis, kurį atidarė caras Aleksandras II ir įmūrijo simbolinę paskutinę plytą.
Bene labiausiai vietovės vardas siejamas su II pasaulinio karo metais čia nužudytais įvairių tautybių žmonėmis, daugiausiai žydais. Žudynes organizavo vokiečių kariškiai: Francas Mureris (Vilniaus mėsininkas), Martinas Vaisas, Bruno Kitelis, o vykdė lietuviai savanoriai.[reikalingas šaltinis]1941–1944 m. Panerių miškelyje buvo sušaudomi žydai iš rytų Lietuvos getų (viso apie 70 000) ir lenkai (viso apie 20 000).[reikalingas šaltinis]
Vilniaus Žydų Taryba 1943 metais paskelbė dainos konkursą, kurio nugalėtojais tapo vienuolikametis Alekas Volkovskis (muzika) ir Šmerkė Kačerginskis (žodžiai), sukūrę žinomą „Panerių dainą“.[8]
1948 m. žydų žudynių vietoje pastatytas paminklas, bet 1952 m. jis buvo nugriautas neva dėl religinio pobūdžio.
↑Paneriai. Aukštieji Paneriai. Visuotinė lietuvių enciklopedija, T. XVII (On-Peri). – Vilnius: Mokslo ir enciklopedijų leidybos institutas, 2010. 385 psl.
Paneriai. Tarybų Lietuvos enciklopedija, T. 3 (Masaitis-Simno). – Vilnius: Vyriausioji enciklopedijų redakcija, 1987. // psl. 289
Paneriai. Lietuviškoji tarybinė enciklopedija, VIII t. Vilnius: Mokslo ir enciklopedijų leidybos institutas, 1981. T.VIII: Moreasas-Pinturikjas, 440 psl.
Paneriai. Mūsų Lietuva, T. 1. – Bostonas: Lietuvių enciklopedijos leidykla, 1964. – 165 psl.