2006년 UEFA 인터토토컵은 대회 방식에 중요한 변화가 있은 뒤의 첫 번째 대회이다. 2005년 대회까지 3회전 이후 준결승, 결승까지 다섯 번의 경기를 치렀던 것과 달리 3회전으로 줄였다. 이전 대회에서는 세 팀이 1회전에 진출하였는데, 이번 대회부터는 11개 팀이 2차 예선전에 진출하게 된다. 또한 전체 우승 팀을 결정하게 되는데, 이는 11개 팀 가운데 UEFA컵 성적이 가장 좋은 팀에게 돌아가게 된다. 이번 대회의 전체 우승 팀은 뉴캐슬 유나이티드이다.

1차전은 6월 17일과 6월 18일에 열리고, 2차전은 6월 24일과 6월 25일에 열린다.

팀 1	합계	팀 2	1차전	2차전
남부-지중해 지역
포베다	2-4	파룰 콘스탄차	2-2	0-2
산줄리아	0-8	마리보르	0-3	0-5
에트니코스 아크나	5-4	파르티자니	4-2	1-2
즈린스키 모스타르	4-1	마르사실로크	3-0	1-1
중앙-동부 지역
킬리키아 예레반	1-8	디나모 트빌리시	1-5	0-3
샤흐타르	4-6	MTZ 리포	1-5	3-1
니트라	12-2	그레벤마허	6-2	6-0
MKT 아라즈 이미슐리	1-2	FC 티라스폴	1-0	0-2
북부 지역
케플라비크	4-1	던개넌 스위프츠	4-1	0-0
디나부르그	2-1	HB	1-1	1-0
탐페레 유나이티드	8-1	카마던 타운	5-0	3-1
나르바 트란스	1-8	칼마르	1-6	0-2
베트라	0-5	셸번	0-1	0-4

1차전은 7월 1일과 7월 2일에 열리고, 2차전은 7월 8일과 7월 9일에 열린다.

팀 1	합계	팀 2	1차전	2차전
남부-지중해 지역
쇼프론	3-4	카이세리스포르	3-3	0-1
파룰 콘스탄차	3-2	로코모티브 플로브디프	2-1	1-1
제타1	1-4	마리보르	1-22	0-2
마카비 페타티크바	4-2	즈린스키 모스타르	1-13	3-1
오시예크	2-2(a)	에트니코스 아크나	2-2	0-0
중앙-동부 지역
그라스호퍼 클럽 취리히	4-0	테플리체	2-0	2-0
니트라	2-3	드니프로 드니프로페트로우스크	2-1	0-2
리트	4-1	디나모 트빌리시	3-1	1-0
티라스폴	4-1	레흐 포즈난	1-0	3-1
모스크바	3-0	MTZ 리포	2-0	1-0
북부 지역
하이버니언	8-0	디나부르그	5-0	3-0
오덴세	3-1	셸번	3-0	0-1
릴레스트룀	6-3	케플라비크	4-1	2-2
탐페레 유나이티드	3-5	칼마르	1-2	2-3

¹ FK 제타는 이번 시즌의 UEFA 대회를 2005-06시즌의 세르비아 몬테네그로 협회의 회원국으로 출전하였으나 이 경기가 열리기 전에 벌써 몬테네그로 축구 협회의 회원국이 되었다.^[1]
2 이 경기는 베오그라드의 파르티잔 경기장에서 열렸다. (제타의 홈 경기장이 UEFA 기준에 맞지 않음)
³ 이 경기는 이스라엘의 헤르츨리야에서 열렸다. 이 당시 마카비 페타티크바의 홈 경기장이 보수 중이었다.

1차전은 7월 15일에 열리고, 2차전은 7월 22일에 열린다.

팀 1	합계	팀 2	1차전	2차전
남부-지중해 지역
오세르1	4-2	파룰 콘스탄차	4-1	0-1
라리사	0-2	카이세리스포르	0-0	0-2
비야레알	2-3	마리보르	1-2	1-1
마카비 페타티크바	3-4	에트니코스 아크나	0-2	3-2
중앙-동부 지역
그라스호퍼 클럽 취리히	3-2	겐트	2-1	1-1
마르세유	(a)2-2	드니프로 드니프로페트로우스크	0-0	2-2
헤르타 베를린	2-0	모스크바	0-0^	2-0
리트	4-2	티라스폴	3-1	1-1
북부 지역
뉴캐슬 유나이티드	4-1	릴레스트룀	1-1	3-0
칼마르	2-3	트벤터	1-0	1-3
오덴세	(a)2-2	하이버니언	1-0	1-2

^ 7월 16일에 열림

¹ UEFA의 자문 끝에, 이탈리아 진출팀이던 팔레르모는 2006년 6월 6일에 이탈리아 축구 협회에 의해 기권되었다. 이탈리아 세리에 A의 승부조작 스캔들에 연루되어 2005-06시즌의 순위가 인터토토컵에 공식적으로 진출할 수 있는지 확신하지 못하였기 때문이다. 그래서 프랑스 클럽인 오세르가 팔레르모 대신 참가하였다.

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