레이겐 천황의 제4황자로 탄생하여 1682년에 황태자 선지를 받았다. 조쿄 4년 (1687년) 성년식을 치르고 부황의 양위를 받아 등극했다. 23년에 걸친 재위기간 내내 아버지 레이겐 상황의 섭정을 받았다. 그의 재위기간은 이른바 겐로쿠 문화로 불리던 도쿠가와 쓰나요시의 재직 기간과 거의 일치한다. 쓰나요시는 황실을 존중했기에 조정과 막부와의 사이도 대체로 양호한 편이었고, 황실령의 고쿠다카도 1만석에서 3만석으로 늘어나게 된다. 다음 쇼군인 도쿠가와 이에노부는 천황의 총신 고노에 도모히로의 사위로 조정-막부 관계 역시 에도 시대 중 가장 안정된 상태를 유지하였다.
