하프라이프 2에서 일어난 폭발 직후, G맨은 고든 프리맨을 데려가려고 한다. 그러나 보르티곤트들의 방해로 고든은 느린 시간 포털에 들어가지 않게 되며, 그들에 의해 콤바인 요새 바깥으로 옮겨진다. 바위더미에 묻혀있던 고든은 견과 알릭스 밴스에게 구조되며, 이들과 함께 17번 지구에서 탈출하기위한 사투를 벌인다. 알릭스 밴스와 고든 프리맨은, 시타델 요새의 지하주차장과 지하도로, 17번 지구의 시가지와 병원등을 거쳐서 시민들을 대피시키고 열차역으로 향한다. 그리고 열차역에 있던 스트라이더와의 사투를 벌인 후,드디어 열차를 타고 탈출을 시도하나, 시타델 요새가 콤바인에게 보내려던 신호는 결국 보내지게되고, 폭발에 휘말려 그 앞의 스토리는 하프라이프 2: 에피소드 2에서 이어진다.
