그리고 하프 라이프의 스토리 작가 Marc Raidlaw에 따르면, 하프 라이프의 확장팩들은 아직 그 스토리가 공식인지 공식이 아닌지 확정되지 않은 상태다. 그러므로 시나리오 작가가 하프 라이프의 이후 시리즈에 확장팩에 나왔던 것들을 등장시키느냐 마냐에 따라서 확장팩의 스토리가 공식인지 아닌지가 갈린다고 한다.[1]
챕터
1. 접근 중 (Incoming) : 주인공인 에이드리언 셰퍼드가 블랙 메사로 파견 도중 참변을 당한다.
2. 블랙 메사에 오신 것을 환영합니다 (Welcome to Black Mesa) : 블랙 메사에 도착하여 사태의 심각성을 깨닫고 구조 요청을 하러 간다.
3. "우린 후퇴 중이다" ("We Are Pulling Out") : 셰퍼드는 군인들이 대대적으로 후퇴하고 있다는 것을 알아차리고 탈출하려 한다.
4. 전투 중 실종 (Missing in Action) : G맨의 소행으로 탈출에 실패한 셰퍼드는 블랙메사를 돌아다니며 탈출구를 찾게 된다.
5. 아군 사격 (Friendly Fire) : 셰퍼드는 람다 단지로 가야한다는 말을 동료에게 듣고 그곳으로 떠나면서 암살자의 공격을 받는다.
6. 우린 혼자가 아니다 (We Are Not Alone) : 람다 단지에 도착하였으나, 그곳에서는 고든 프리맨이 젠으로 향하고 있던 바로 그 장소였고 셰퍼드는 포탈을 사용하여 다른 장소로 이동하게 된다.
7. 수압 (Crush Depth) : 수중 연구실에 도착한 셰퍼드는 다시 한 번 블랙 메사에서 탈출할 길을 모색한다.
8. 가상 현실 (Vicarious Reality) : 생체 연구실에 도착한 셰퍼드는 탈출하던 도중 살아남은 동료가 도움을 요청하는 것을 듣게 된다.
9. 핏 웜의 둥지 (Pit Worm's Nest) : 오염물질 처리시설에서, 그는 거대한 생명체인 핏 웜을 발견하게 된다. (이 챕터는 '하프라이프1'의 '블래스트 핏'을 모방하였다)
10. 폭스트롯 유니폼 (Foxtrot Uniform) : X 종족과 젠 종족, 그리고 인간 사이의 치열한 전투가 벌어진다.
11. "배달물" ("The Package") : 셰퍼드는 블랙 메사의 깊숙한 곳을 둘러보던 도중 암살자의 비밀 작전을 알게 된다.
12. 세계의 충돌 (Worlds Collide) : 셰퍼드는 한 경비원에게 '이 세상에 존재하는 것 중 가장 역겨운 것'이 있다는 말을 듣고 그것을 해치우러 간다.
13. 종결 (Conclusion) : G맨이 여태까지 셰퍼드의 행적을 되짚어보며 그를 이 블랙 메사 사건의 목격자로 남기기 위해 그를 가두게 된다.
