2008년, 이학재 당시 서구청장의 총선 출마에 따라 보궐선거 비용 및 공직자의 선거출마 관련 논란이 일었다. 민주노동당 인천시당은 이학재 서구청장의 총선 출마에 따른 서구청장 보궐선거 비용을 한나라당과 이학재가 부담해야 한다고 주장했다.[1]
또한, 민주노동당 서구지역위원회는 "공직자가 임기 중 선거에 출마하기 위해 사퇴를 하는 것을 금지하는 법을 만들어야 한다"고 밝혔다. 그들은 이학재 전 서구청장이 4년 임기동안 총선 때문에 구청장직을 중도 사퇴하는 일은 없을 것이라고 약속했지만 결국 사퇴했다고 주장했다.[2]
2015년, 비서가 타인 친구의 아이디로 지역구 내 온라인 커뮤니티 청라국제도시네이버 카페에서 지역구 주민들을 비방하는, 이른바 '댓글부대'로 나선 사실이 확인돼 파문이 일었다. 카페입장에 의하면 새누리당 이학재 의원실의 비서는 지난 9월 중순부터 최근까지 타인 명의 아이디로 댓글 수백 건을 달았다.
해당 비서는 공개 사과하였으나 카페 '정상화상화운영위원회' 대표에 대해 "박 대표가 동의를 구하지 않고 자신과의 대화 내용을 녹취했으며, 반말과 강압적인 어조로 말해 위축됐다"라며 비판하기도 했다.[3]
이에 해당 대표는 "댓글 논란을 해명하기 위해 만나기로 한 자리에나오지 않고 아이디의 주인인 친구를 내보내 황당"했다며 "신분 등을 허위로 둘러대는 등 계속 거짓말을 하는 것 같아 녹취를 할 수밖에 없었다"고 반박했다.
이 같은 내용이 알려지자 일부 주민들은 그동안 올린 글을 찾아내며, 의원실이 여론조작에 조직적으로 개입한 게 아니냐는 의혹을 제기했다.
정보위원장직 유지 논란
2018년, 바른미래당에서 자유한국당으로 당적을 바꾸면서, 바른미래당 몫으로 배정된 국회 정보위 위원장직을 사퇴하지 않고 그대로 유지해 논란이 일었다. 바른미래당은 반발하였으며, 더불어민주당 또한 상임위원장 자리를 나눈 여야 합의를 어겼다고 비판하였다.[4] 기동민 더불어민주당 의원은 상임위원장이 정당한 이유 없이 당적을 변경할 경우 위원장에서 사임하도록 하는 국회법 일부개정안('이학재 방지법')을 발의하였다.[5] 반면 자유한국당은 정보위원장직을 내놓을 의사가 없다고 밝혔다. 권성동·김영우 의원 등도 2016년 12월 새누리당에서 바른정당으로 옮기면서 상임위원장직을 유지했다는 것이다.[4]
이 논란은 12월 27일 이학재 의원이 정보위원장직을 내려놓으면서 일단락되었다. 이 의원은 "돌이켜보니 국민 눈높이와 국회 관행과 국회법은 다를 수 있다는 점을 간과한 측면이 있다"고 이유를 밝혔다.[6] 이에 따라 차기 정보위원장을 뽑기 위해 보궐선거가 열렸고, 3선의 이혜훈 바른미래당 의원이 당선되어 후임 정보위원장에 선출되었다.[7]
구의원에게 폭언 논란
2019년, 기초의원에게 폭언을 했다는 주장이 제기돼 논란이 일고 있다.정인갑 인천시 서구의회 의원은 17일 페이스북에 "어제 집회에서 발언을 마친 뒤 이학재 의원으로부터 '싸가지없는 XX'와 '어린노무 XX, 가만 안놔둔다'는 무서운 말을 수차례 들어야 했다"며 "나이 어린 것이 죄일까, 국회의원은 기초의원을 함부로 대해도 되는 걸까, 제 역할과 존재 이유를 고민하면서 밤새 단 한숨도 잠을 이룰 수 없었다"고 적었다. 정인갑 구의원은 전날 인천시 서구 청라소각장 인근에서 열린 집회에 참석해 발언을 마치고 난 뒤 이학재 의원이 폭언을 했다고 주장했다. 이에 대해 이학재 의원은 집회가 끝난 뒤 정 구의원과 대화를 하긴 했지만 폭언이 아니라 정치 선배로서 조언과 훈계를 했을뿐이라고 반박했다. 정인갑 구의원의 아버지가 자신과 친분 관계가 두터웠고 정 구의원 역시 친분이 있으며 폭언에 대해서는 "욕하거나 그런 건 아니고 정확한 워딩은 기억이 안나지만, 왜 싸가지 없이 얘기를 하느냐 정도로 얘기했던 것 같다"고 해명했다.[8]
보좌관 음주운전 논란
2020년 2월, 이학재 의원의 보좌관이 음주운전을 하다가 적발되었다. 혈중알코올농도는 면허취소 수준으로 16km가량을 술에 취한 상태로 운전하다 불구속 송치되어 파문이 일었다.[9]
그런데, 해당 보좌관이 계속 차량 수행을 한 것으로 밝혀져 다시 문제가 붉어졌다.[10] 이학재 의원실 관계자는 “차량 수행을 위한 직원을 채용해서 교육하는 과정에서 어쩔 수 없이 운전대를 잡게 된 것으로 안다”며 “법적으로 문제가 없지만 도의적으로 운전대를 잡지 않기로 했다”고 답했다.
청라동 선거구 획정 논란
2020년, 보수정당 후보인 본인에게 유리하도록 젊은 인구가 많은 청라동을 쪼개기 위해 선거구 획정 과정에서 현역 의원으로서 영향력을 행사했다는 의혹을 받았다.[11]
21대 국회의원 총선 선거법 위반 논란
2020년, 대한민국 제21대 국회의원 선거 운동 과정에서, 이학재 의원은 롯데마트 상가의 점포를 단기 사용하는 임차 계약을 체결한 것을 빌미로 롯데마트 상가 관리단과의 협의·합의 없이 홍보용 거대 현수막 여러 장을 롯데마트 외벽에 게시하였다.[12] 3월 24일, 더불어민주당 공정선거감시단은 선거사무실은 고정된 사무실에 두어야 하며, 식품위생법에 의한 식품접객영업소 또는 공중위생관리법에 의한 공중위생영업소안에 둘 수 없도록 규정한 공직선거법을 위반했다고 이학재 의원을 경찰 및 선거관리위원회에 고발했다.[13]
이후 선거관리위원회에서는 선거법을 위반하지 않았다고 답변했다.
전과
공직선거및선거부정방지법위반: 징역 10월 집행유예 2년 - 1995년 10월 27일 선고, 1998년 8월 15일 특별복권[14]. 해당 선고로 당선무효되었다.
