도카이 여객철도의 도카이도 본선 (도카이도 선 나고야 지구·미노아카사카 지선·마이바라 방면 도카이도 본선), 다루미 철도의 다루미 선, 요로 철도의 요로 선이 접속하고 있다. 또한 다루미 선은 1984년까지 일본국유철도의 소속이었으며, 다루미 철도로 분리된 이후에도 일본국유철도 및 도카이 여객철도와 같은 역사를 써 왔다.
5면 7선 구조의 지상역으로, 단식 1면 1선 (1번선), 쌍섬식 2면 4선 (2·4·5·7번선), 두단식 승강장 두 곳 (3번선·6번선)으로 이루어져 있다. 이 중, 2·4번선이 도카이도 선의 본선, 6번선이 다루미 선의 본선이며, 나머지 선로들은 모두 부본선이다. 이 밖에 몇 개의 부본선과 측선이 설치되어 있으며, 구내 동쪽으로는 보선 기지도 건설되어 있다.
도카이 여객철도와 다루미 철도가 공용으로 사용하는 역으로, 6층 짜리 역 빌딩에는 상업시설 "아피오"가 들어서 있다. 개찰구는 2층에 있다. 또한 도카이도 본선에서는 TOICA 및 제휴 교통카드의 사용이 가능하나, 미노아카사카 지선에서는 사용할 수 없다.
도카이 여객철도는 오가키 역을 역장과 역무원을 두는 직영역으로 관리하고 있으며, 도카이도 본선 다루이 역 ~ 사메가이역 및 미노아카사카 지선의 2개 역 (아라오 역·미노아카사카역)을 관리하도록 하고 있다.