고척스카이돔이 건설 중인 2014년 9월에 서울특별시청과 대한야구협회 측이 고척 스카이돔이 완공되면 목동야구장을 다시 아마추어전용 야구장으로 사용하기로 협의하면서, 히어로즈는 목동을 떠나는 것이 확정됐다.[2]2015년10월 14일 이후부터는 넥센 히어로즈가 고척스카이돔으로 떠나면서 목동야구장은 KBO 리그 경기에서 제외되었다. 현재는 고교야구 기간에 경기 구장으로 사용되며, 저니맨 외인구단의 홈 구장으로 사용되고 있기도 하다.
2008년3월 19일 야간조명이 설치된 뒤[3]같은 해4월 1일 첫 프로야구 야간경기가 개최됐다.[4] 그러나 야구장 주변에 거주하는 주민들의 민원 때문에 2023년 6월부터 고교야구 야간경기를 하지 않고 있다.[5] 이 때문에 잠실야구장을 대체할 돔 구장의 건설이 확정되면서, 목동야구장을 대체 야구장으로 쓸 수 없는 상황에 놓이게 됐다.[6]
