핵형은 2n=17,X이다. 남캅카스두더지들쥐는 SRY 유전자 또는 Y 염색체를 갖고 있지 않다. 양성은 XO 성염색체 세트를 갖고 있으며, 조상 개체군에서 유래했을 가능성이 있고 수컷은 자이산두더지들쥐(E. tancrei)와 같은 XX 성염색체 세트를 갖고 있다.[2] 이들의 성 결정 방법은 아직 알려져 있지 않다.[3]
↑Bagheri-Fam, S; 외. (January 2012). “Sox9 gene regulation and the loss of the XY/XX sex-determining mechanism in the mole vole Ellobius lutescens.”. 《Chromosome Research》 20 (1): 191–9. doi:10.1007/s10577-011-9269-5. PMID22215485.