Avogadro

Avogadro


最新版	1.2.0 / 2018年6月8日 (6年前) (2018-06-08)
最新評価版	1.97 / 2022年7月22日 (2年前) (2022-07-22)^[1]
リポジトリ	github.com/cryos/avogadro github.com/OpenChemistry/avogadrolibs/
プログラミング言語	C++ (Qt)
対応OS	Linux, Mac OS X, Microsoft Windows
ライセンス	GNU General Public License
公式サイト	avogadro.cc two.avogadro.cc
テンプレートを表示

Avogadro（アヴォガドロ）は、計算化学、分子モデリング、バイオインフォマティクス、材料科学および関連分野におけるクロスプラットフォーム使用のために設計された分子エディタである^[2]^[3]^[4]^[5]。Avogadroはプラグインによって拡張可能である^[6]。

特徴

Windows、Linux、Mac OS Xで利用可能な分子構築/エディタ
全ソースコードはGNU GPLで入手可能
中国語、フランス語、ドイツ語、イタリア語、ロシア語、スペイン語に翻訳されている
マルチスレッドレンダリングおよびコンピュテーション（英語版）をサポート
開発者のためのレンダリング、インタラクティブツール、コマンド、Pythonスクリプトを含むプラグイン構造
OpenBabelによるファイル読み込みと、複数の計算化学パッケージ、結晶構造解析、生体高分子のためのインプットファイルの生成

脚注

^ “Releases · OpenChemistry/avogadrolibs”. GitHub (2022年7月22日). 2022年11月15日閲覧。
^ Mera-Adasme R, Mendizábal F, Olea-Azar C, Miranda-Rojas S, Fuentealba P (2011). “A Computationally Efficient and Reliable Bond Order Measure”. J. Phys. Chem. A 115 (17): 4397-4405. doi:10.1021/jp107498h. PMID 21469689.
^ Salciccioli M, Yu W, Barteau MA, Chen JG, Vlachos DG (2011). “Differentiation of O–H and C–H Bond Scission Mechanisms of Ethylene Glycol on Pt and Ni/Pt Using Theory and Isotopic Labeling Experiments”. J. Am. Chem. Soc. 133 (20): 7996-8004. doi:10.1021/ja201801t. PMID 21526776.
^ Open Babel documentation Author: Geoffrey R Hutchison; Noel M O'Boyle; Blue Obelisk (Organization)
^ Hanwell, Marcus D; Curtis, Donald E; Lonie, David C; Vandermeersch, Tim; Zurek, Eva; Hutchison, Geoffrey R (2012). “Avogadro: an advanced semantic chemical editor, visualization, and analysis platform”. Journal of Cheminformatics 4 (1): 17. doi:10.1186/1758-2946-4-17. ISSN 1758-2946.
^ “Main Page - Avogadro - Free cross-platform molecule editor” (2011年4月25日). 2012年1月19日閲覧。

外部リンク

公式ウェブサイト

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計算化学ソフトウェア

ケモインフォマティクス

オープンソース	Avalon Cheminformatics Toolkit Bioclipse Blue Obelisk Chemistry Development Kit ECCE JOELib OELib Open Babel RDKit
プロプリエタリ	Canvas Chemicalize Discovery Studio

化学反応速度論

オープンソース	APBS Cantera KPP
プロプリエタリ	Autochem Chemical WorkBench CHEMKIN COSILAB DelPhi Khimera

分子モデリングおよび可視化

分子グラフィックスシステムの一覧

オープンソース	Ascalaph Designer Avogadro BALL Biskit CPMD Gabedit Ghemical Jmol Molekel PyMOL QuteMol RasMol
プロプリエタリ	Abalone ACD/ChemSketch Atomistix ToolKit ChemDraw EzMol Gaussian HyperChem Maestro MarvinSketch MarvinView MODELLER Molecular Operating Environment Spartan UCSF Chimera VMD

分子ドッキング

タンパク質-リガンドドッキングソフトウェアの一覧

オープンソース	AutoDock AutoDock Vina FlexAID rDock
プロプリエタリ	Glide Molecular Operating Environment

分子動力学

オープンソース	GROMACS LAMMPS OpenMM PLUMED
プロプリエタリ	Abalone AMBER CHARMM Desmond GROMOS NAMD

量子化学

量子化学および固体物理計算ソフトの一覧

オープンソース

Proprietary

構造式エディタ

オープンソース	BKChem JChemPaint JME Molecule Editor Molsketch XDrawChem
プロプリエタリ	ACD/ChemSketch ChemDoodle ChemDraw MarvinSketch

その他

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