21世紀においてオルニトスクス科は偽鰐類に位置付けられているが、偽鰐類内での類縁関係は研究者によって見解が分かれている[1]。Brusatte et al. (2010)の系統樹において、オルニトスクス科はラウイスクス類(ポポサウルス上科(英語版)とラウイスクス上科)と1つの分岐群に纏められており、彼らの共通祖先がワニ形類・鷲竜類の共通祖先と枝分かれした形で扱われている[1]。この一方で、Nsbitt (2011)でオルニトスクス科は偽鰐類のうち最も基盤的な位置に置かれており、偽鰐類と鳥中足骨類が分岐した後にいち早く枝分かれしたものがオルニトスクス科とされている[1]。
^Nesbitt, S.J. (2011). “The early evolution of archosaurs: relationships and the origin of major clades”. Bulletin of the American Museum of Natural History352: 1–292. doi:10.1206/352.1. hdl:2246/6112.