Si tratta di un androide dalle caratteristiche fisiche e caratteriali simili a quelle degli umani, riesce a provare emozioni e pensare come un essere umano, al contrario dei robot della serie classica. Zero è un Maverick Hunter, un soldato che si occupa di eliminare i Maverick, membri d'élite di un esercito di reploidi malvagi, per assicurare una convivenza serena tra reploids e umani.
Zero fu creato dal Dr. Albert Wily (antagonista della prima serie di Mega Man, nonché l'acerrimo nemico del protagonista e del suo creatore Thomas Light), con lo scopo di conquistare il mondo. Nonostante Wily non abbia mai avuto l'occasione di poter controllare Zero, egli considerava l'androide la sua miglior creazione dal momento che aveva inoculato in Zero un virus molto potente. Per poter far in modo che Zero tenesse a bada tale potere, era necessario sigillarlo dentro una capsula per molti anni.
Dopo molto tempo Zero, risvegliatosi dal suo sonno e privo di controllo e di una volontà propria, distrusse molti Reploids, una serie di androidi dalle fattezze e comportamenti simili a quelli umani. Zero, inconsapevolmente, aveva una missione da compiere, ovvero distruggere tutto quel che riguardava il Dr. Thomas Light e le sue creazioni, al fine di poter essere il sovrano di tutte le macchine come ricordo del marchio di Wily. Sigma, il primo reploide creato durante il secolo in cui Zero si svegliò, fu inviato a fermarlo e, in seguito a un violento e stancante scontro, Sigma riuscì ad avere la meglio venendo però contaminato dal virus che Zero portava all'interno del suo corpo.
Sigma ordinò alle sue unità di prendere Zero e di portarlo al Dr. Cain, colui che grazie alla scoperta di Mega Man X ha creato i reploidi. Cain riuscì a fare in modo che Zero prendesse coscienza delle sue azioni e di se stesso, e nel giro di pochi giorni l'androide imparò a controllare le sue capacità e decise di diventare un cacciatore di Maverick eccezionale, nonché il miglior amico di X, colui che avrebbe dovuto eliminare. Per il resto Zero non poteva ricordare niente di quello che aveva fatto, almeno non per il momento.
Mega Man X
Mega Man X Maverick Hunter X
Zero e il suo amico X indagano sul perché molte macchine siano diventate ribelli. Dopo diverse indagini scoprono che il colpevole di tutto è Sigma, il quale ha iniziato una rivolta contro gli esseri umani, Zero e X vengono sconfitti dal loro ex-leader che però li risparmia per poterli affrontare di nuovo. Zero nel combattere le macchine di guerra controllate da Sigma, si trova a salvare la vita a X durante il suo scontro con Vile, un compagno molto arrogante di X e Zero diventato maverick. Si suppone che per invidia e perché non capiva cosa era così speciale in X, Vile odiava quest'ultimo a morte dichiarando che tutti coloro che avrebbero presso le difese di X, sarebbero stati eliminati insieme a lui, ma Zero non è affatto spaventato dalla minaccia di Vile.
Dopo che X riesce ad eliminare le unità di Sigma da una parte e Zero dall'altra, i due raggiungono la sua fortezza dove affronteranno altri pericoli, tra cui Vile stesso, ma questa volta Zero per salvare X si sacrificherà auto distruggendosi ma i suoi resti verranno ricuperati dalle unità restanti di Sigma, però il suo chip di viene preso da X che porterà con sé e poi riesce ad sconfiggere Sigma.
Mega Man X 2
Passati 6 mesi dal suo incidente, Zero viene lentamente ricostruito da un gruppo di maverick chiamato X-hunters, i quali stanno attirando l'attenzione di X che riesce a sconfiggerli e a recuperare le parti del corpo di Zero. Il Dr. Cain accenna che gli ci vorrà un po' prima che possa riattivare Zero grazie anche al suo chip conservato da X.
X Sconfigge nuovamente gli X-hunters e il resto delle loro unità, scoprendo che dietro vi era lo zampino di Sigma. Raggiunto Sigma, ad X viene mostrato uno Zero dall'armatura nera, ma essi viene distrutto dal vero Zero che arrivò in tempo per aiutare X.
Zero si sarebbe occupato di distruggere il computer principale di Sigma, mentre che X avrebbe fronteggiato Sigma ancora una volta distruggendolo.
(Come risultato non canonico, vi è che il giocatore se non recupera tutte le parti di Zero perché non affrontati gli X-hunters nel primo scontro, Zero diventerà il sub-boss dell'ultimo livello, sconfiggendolo, prenderà coscienza e aiuterà X distruggendo il computer principale progettato da Sigma)
Mega Man Xtreme
Dopo poco tempo che il mondo fu salvato da X e Zero, dei maverick sconfitti in precedenza sono tornati in vita a causa delle manovre di un reploide hacker chiamato Techno, X e Zero entrano in azione agendo separatamente e contano con l'aiuto di un reploide chiamato Middy. Dopo aver sconfitto i mavericks e aver raggiunto Techno, X distrugge la CPU di quest'ultimo che però era collegata al sistema vitale dello stesso Techno e muore, ma la sorpresa più grossa, è che Techno è il fratello di Middy ed entrambi condividono la stessa CPU collegata al loro sistema vitale, quindi muore anche Middy.
Dopo l'incidente si scopre che Techno venne manovrato da Sigma, X in preda all'ira affronta di nuovo il suo ex-comandante eliminandolo ancora una volta. Zero consola X sull'accaduto perché si sentiva responsabile della morte di Middy. Per il resto, durante il gioco è possibile evocare Zero per attaccare i nemici a seconda delle capsule scoperte dal giocatore.
Mega Man X 3
Grazie ad un reploide di nome Doppler, ci fu un periodo di pace in cui non era necessario l'intervento dei maverick hunters, ma Doppler in seguito avrebbe fatto in modo che le sue unità di reploidi causassero dei disastri. X e Zero, ormai veterani cacciatori di maverick, entrano in scena per indagare. X viene intrappolato da un collega corrotto di nome Mac, il quale viene sconfitto facilmente da Zero.
Si scoprirà che Doppler venne corrotto da Sigma, e che bisognerà fermarli entrambi. Doppler dopo la sua sconfitta svela che la vera forma appressa da Sigma, è quella di un virus, ed è per questo che riesce sempre a tornare in vita ottenendo nuove forme fisiche.
Durante l'avventura, X può chiedere l'intervento di Zero, che però non può affrontare i boss e mini-boss. Rispettando alcune condizioni, durante gli ultimi livelli Zero può affrontare un mini -boss, una volta sconfitto essi esplodendo danneggerà Zero che pero darà come arma la sua spada laser ad X per fronteggiare gli ultimi nemici e non sarà più possibile utilizzare Zero, durante gli altri livelli se Zero viene sconfitto non sarà più possibile evocarlo. Se Zero rimane fino alla fine del gioco, allora sarà lui a dare il colpo di grazia a Sigma nella sua forma virus, se invece viene sconfitto dai nemici o donando a X la sua arma, sarà Doppler a sacrificarsi per fermare Sigma. Non è mai stato confermato quale dei due finali sia quello vero.
Mega Man Xtreme 2
Laguz Island è un luogo dove dei reploidi vengono sacrificati, X e Zero grazie all'aiuto della reploide femminile Iris, scoprono che i colpevoli sono due maverick dai nomi Gareth e Berkana, conosciuti come i Soul Erasers (Eliminatori di anime). Dopo che X e Zero sconfiggono diversi maverick già sconfitti in precedenza, se la vedono con i due Soul Erasers e dopo averli sconfitti, scoprono che Sigma era di nuovo dietro le quinte e lo eliminano di nuovo.
Mega Man X 4
Sebbene Sigma sia stato sconfitto nella sua forma virus, egli è ancora vivo. Questa volta Sigma cerca di corrompere un reploide leader di un'armata sofisticata chiamata Reploidforce, questi sono anche alleati delle unità dei maverick hunters, quelle di cui fanno parte X e Zero. Non riuscendo a corrompere il generale della Replodiforce, Sigma gli manovra con il virus di cui fu infetto tempo fa da Zero e che gli diede l'opportunità di vivere come un virus parassitario.
Reploidforce inizia a causare disastri e rivolte per il mondo volendo eliminare gli umani, tra i non infetti della Reploidforce vi è Iris, che in precedenza aveva aiutato X e Zero, ma lei supplica ai maverick hunters di non far del male a suo fratello, colonnello della Reploidforce, nel frattempo X e Zero vengono aiutati da un reploide novello chiamato Double.
Prima della missione però, Zero tramite degli incubi, aveva delle visioni sul suo passato che per ora non ricordava e che in questi incubi vi era anche la figura di un uomo che Zero non riusciva a vedere in faccia, ma egli gli ordinava di distruggere i suoi nemici.
Dopo la sconfitta della Reploidforce, compressa Iris, infuriata per la morte del fratello e Double, risultato essere una spia nel quartier generale dei cacciatori di maverick: Riecco Sigma, il quale riesce a far ricordare a Zero il loro primo scontro, e dopo questo, Zero capisce gran parte del significato dei suoi incubi. Incoraggiato però da X, affronta ancora una volta Sigma, il quale riescono a sconfiggere nuovamente. X e Zero però, devono evitare che l'arma spaziale in cui si trovano si schianti contro la terra. Grazie al sacrificio del generale della Reploidforce, l'arma esplode nello spazio e Zero insieme ad X riescono a tornare sulla terra.
Mega Man X 5
Sigma ha intenzione di contaminare il mondo intero col virus maverick, sembrerebbe che egli abbia un nuovo alleato a parte il reploide mercenario dal nome Dynamo, ovvero il creatore di Zero: Albert Wily.
Apparentemente lo scienziato è ancora vivo e vuole fare in modo che Zero svegli la sua vera natura raggiungendo l'obbiettivo per cui era stato creato. X e Zero dispongono di nuovi alleati: Alia, Signas, Douglas e Life Saver e sono pronti per la loro nuova missione.
Dopo aver sconfitto Dynamo e tutti i maverick inviati da Sigma, X, Zero e compagnia devono distruggere la base con cui Sigma vuole spandere il virus sulla terra: Eurasia.(Durante gli avvenimenti della missione, Zero incontra un ologramma del Dr. Light che non gli rivela chi è veramente, ma che lo ringrazia di essere l'amico prezioso di X)
Non riuscendoci nel primo tentativo dopo aver usato un vecchio cannone laser, ci riescono nel secondo sparando un missile pilotato da Zero.
Due sono i risultati alternativi: Se Zero dopo aver distrutto Eurasia diventa un maverick, X deve affrontarlo, dopo lo scontro, Zero si sacrifica per salvare X da Sigma, e questo è il suo ultimo atto di coscienza, poi X dopo aver sconfitto Sigma, viene gravemente danneggiato ma salvato dall'anima di Thomas Light che per evitare ad X delle sofferenze riguardanti i brutti ricordi di Zero, glielo cancella completamente dai suoi ricordi impedendo ad X di accettare qualsiasi cosa riguardante Zero.
Il vero risultato invece è quello in cui Zero dopo aver distrutto Eurasia, combatte ancora al fianco del suo miglior amico, anche se ad un certo punto i due si scontrano perché sorgono dei dubbi riguardante il virus maverick. Dopo che lo scontro finisce in parità, Zero salva ancora una volta X.
Raggiunto Sigma, egli svela di aver incontrato un uomo che tiene molto a Zero, "come se fosse suo padre". Sigma istiga Zero facendo il finto tonto chiedendo più volte a Zero chi è veramente quell'uomo e che Zero non può non saperlo visto che nei suoi sogni lo vede sempre.
Zero infuriato ma affiancato da X combatte ancora una volta con Sigma. Sigma esplode usando Zero come scudo, danneggiandolo gravemente, inseguito ferisce anche X, ma Zero con le sue ultime forze distrugge definitivamente la nuova forma di Sigma, Zero ormai esausto e morente, capisce il significato dell'incubo avuto negli ultimi tempi ma non riesce ancora a capire chi sia veramente l'uomo che incontra in quei incubi (anche se si tratta veramente del Dr. Wily).
Zero capendo il motivo per cui era stato creato, decide di morire e accenna ad X di prendersi cura di sé stesso. X danneggiato gravemente, viene salvato dall'anima di Thomas Light. X è rinnovato, cerca Zero nelle rovine dell'ultimo scontro con Sigma ma non riesce a trovarlo, però X trova l'arma sempre usata dal suo miglior amico e decide di continuare a combattere.
Mega Man X 6
Un reploide dal nome Gate ha trovato fra le rovine di Eurasia il DNA di Zero, attraverso questo, Gate crea il virus Nightmare, un potente virus in grado non solo di manipolare altri reploidi ma di modificare e alterare le condizioni delle zone.
Gate insieme al suo esercito e al suo subordinato Isoc hanno creato una copia di Zero chiamata Nightmare Zero, la quale viene usata per dare a Zero la colpa di tutti i disastri accaduti recentemente.
X è convinto che non si tratta del vero Zero e, durante la missione non solo elimina i subordinati di Gate, ma uccide Nightmare Zero. Dopo questo il vero Zero entra in scena, rinnovato e più convinto che mai a combattere per la pace nonostante la decisione presa in precedenza. X e Zero sconfiggono Gate e il suo esercito, ma Gate come ultima risorsa utilizza Sigma. Sigma anche se non del tutto riparato è comunque padrone delle sue azioni e non vuole in nessun modo ubbidire alle ordini di Gate uccidendolo.
Dopo che Sigma viene ancora una volta sconfitto, X e Zero insieme ai loro compagni, Alia, Signa e Douglas decidono di riparare il danni causata dalle guerre accadute negli ultimi tempi.
Come finali alternativi vi sono anche:
Se il giocatore non ha sbloccato Zero, X combatterà da solo e alla fine non vede Zero, ma sente la sua voce. Zero si deciderà di tornare a lottare al fianco di X non appena avrà sconfitto Nightmare Zero. Questo risultato non è considerato canonico.
Se si sconfigge Sigma con Zero, vedremo una scena canonica ma che accade alla fine della serie X, non alla fine di questo episodio, in cui Zero decide di sigillare il suo corpo per neutralizzare il virus presente nel suo sistema vitale e nei suoi circuiti.
Mega Man X 7
Passato quasi un secolo dalle vicende di Mega Man X 6, la pace è di nuovo tornata e il mondo è stato quasi ricostruito, tuttavia vi sono ancora dei crimini in circolazione a causa dei maverick. X scocciato dalla continua violenza decide di trovare altre soluzioni pacifiche per stabilire la pace, mentre Zero continuerà a combattere come cacciatore di maverick.
Durante una missione, Zero trova un misterioso reploide dal nome Axl e dopo che i due si sono aiutati a vicenda, tornano al quartier generale: Axl svela di essere un membro del gruppo di giustizieri chiamati Red Alert (Allarme Rosso) ma egli ha deciso di abbandonarli perché diventati dei criminali. Dopo che il quartier generale di cacciatori di maverick viene contattato dal leader di Red Alert, X e Zero devono combattere i suoi membri per stabilire la pace e Axl per rimediare vuole aiutarli.
X per il momento si rifiuta di combattere e non ha molta fiducia in Axl mentre che Zero all'inizio anche lui diffidente porterà avanti la missione con successo grazie anche all'aiuto di quest'ultimo che lentamente spiega come i suoi amici di Red Alert erano cambiati caratterialmente. X si decide di entrare in scena a combattere al fianco di Axl e Zero.
Scoperta la nuova fortezza di Red Alert, il trio la raggiunge e affrontano Red, leader di Red Alert. Red prima di venire sconfitto e di attivare il sistema di autodistruzione della fortezza, svela che dietro al drastico cambio del comportamento di Red e dei suoi compagni, vi è un certo "professore" il quale si svela di essere Sigma che riescono a sconfiggere ancora una volta per poi scappare dalla fortezza in cui si trovavano che era in fase di distruzione.
Come risultato, Axl diventa un membro dei maverick hunters, X all'inizio non la prende bene mostrando per la prima volta gelosia nei confronti di qualcuno. Zero invece, prima di iniziare la sua prossima missione, ha uno strano incubo in cui si trova davanti a sé dei reploidi massacrati, ma questa volta non per mano sua, inseguito un'impazzito X gli spara ripetendo continuamente di eliminare i mavericks. Questo incubo in realtà significa che dopo gli eventi di Mega Man X, Zero affronterà Neo Arcadia, dove in uno dei vari scontri con essa, troverà una copia malvagia del suo miglior amico.
Mega Man X 8
X, Zero e Axl stanno indagando sul perché i reploidi di nuova generazione stiano impazzendo diventando dei mavericks. I tre cacciatori grazie, all'aiuto della loro vecchia navigante Alia e alle nuove naviganti Pallette e Layer scoprono che i reploidi di nuova generazione sono immuni ai virus, ma che nei loro chip di copia vi sono presenti i dati di Sigma, Axl stesso svela di essere immune ai virus perché anche lui un reploide di nuova generazione, ma è un prototipo che non corre dei gravi rischi.
Zero nel frattempo è turbato dai suoi ricordi del passato in quanto gli argomenti lo riportano indietro moralmente.
Sconfitti i mavericks, Vile (ritornato in vita dopo tanto tempo), Sigma e le sue copie, si svela il segreto di tutto: Lumine, il reploide di nuova generazione che all'inizio svelo di essere il direttore del progetto Jakob (Un ascensore enorme che collega la terra alla luna e che è un simbolo di sintonia fra umani e reploidi) e che fu sequestrato da Vile, è il vero responsabile di quello che sta accadendo e che Sigma non era altro che una delle sue pedine sacrificabili, il sequestro di Lumine era una messinscena.
Lumine dice di voler annientare umani e i reploidi della prima generazione, e che i prototipi come Axl non erano graditi, Lumine svela che i chip di copia che dispongono i reploidi di nuova generazione sono stati creati con i dati dei reploidi della prima generazione, inclusi per forza i dati di Sigma, ma egli dice che questa caratteristica non la dispongono anche i prototipi come Axl: i reploidi di nuova generazione a cui Lumine appartiene, possono diventare mavericks a piacimento.
Svelata la verità, X, Zero e Axl, decidono di affrontare il maverick e dopo una lunga e dura battaglia lo sconfiggono, Axl viene ferito, Zero taglia il tentacolo con cui Lumine ferisce Axel e X l'annienta definitivamente.
Fatto sta però, che in futuro vi sarà una guerra inevitabile che coinvolgerà i reploidi a causa di questi chip di copia.
Come breve scena non canonica, vi è che Zero pensa che non sarà più costretto a combattere se Sigma non tornerà mai più come accennato da Lumine.
Mega Man X Command Mission
X e Zero vengono convocati da un certo colonnello Redips per una missione su un'isola artificiale chiamata Giga City, ad affiancarli vi è un reploide di nome Shadow. La missione consiste nell'eliminare un esercito che ha iniziato una sommossa sull'isola e che sta svolgendo delle ricerche illegali: L'esercito Liberion.
Tuttavia le cose non iniziano bene: X e Zero vengono non solo circondati dai membri più importanti dell'esercito Liberion, ma vengono anche traditi da Shadow. Dopo un breve scontro in cui X e Zero sono in parecchio svantaggio, vengono separati e ognuno continuerà la missione separatamente con la speranza di ritrovarsi.
X nel frattempo farà nuove amicizie che gli saranno di molto aiuto nella missione, ovvero: Spider, Massimo, Marino, Cinnamon, Gaudile, Nana e Chief-R. Chief-R, Gaudile e Nana sono coloro che guideranno X e compagnia e durante la missione in cui si hanno tracce di Zero, in aiuto ci sarà anche Axl.
Zero viene ritrovato, dopo un momento di difficoltà viene aiutato, ma quando X gli presenta le nuove conoscenza fatte che lo hanno finora aiutato, Zero si ritira perché non si fida di loro dopo il tradimento di Shadow, tuttavia, dopo che X e compagnia affrontano Shadow, Zero tornando su i suoi passi entra di nuovo nel gruppo e dopo la sconfitta di Shadow, Spider si guadagna il rispetto di Zero nonostante la breve conoscenza.
Dopo il sacrificio di Spider, X, Zero e compagnia con un membro del gruppo in meno devono continuare ad affrontare l'esercito Liberion. Il gruppo scopre che il piano di Epsilon, leader dell'esercito Liberion è quello di usufruire di un materiale chiamato Force Metal (Metallo della Forza) ma i suoi metodi risultano piuttosto rischiosi. X e amici sconfiggono i membri più importanti del Liberion tra cui, Botos, Ferham e Scarface. Botos però decide di tradire i suoi camerati e ferisce Ferham per poi venire ucciso da Spider che non era morto.
Una parte dell'evoluto metallo di forza progettato da Epsilon viene rubato e dopo la sconfitta di quest'ultimo per mano di X e i suoi amici recuperano il resto di questo metallo di forza. A questo punto la missione dovrebbe essere portata a termine ma dopo l'attacco da parte delle truppe di Redips e l'uccisione di Chief-R, il gruppo deve capire il perché del tradimento di Redips.
Durante lo scontro con Redips, egli svela di aver manovrato X e compagnia perché si occupassero di Epsilon e dei suoi seguaci, in modo che Redips poteva rubare con più facilità le loro ricerche, cioè il Supraforce Metal, inoltre Redips dimostra di essere un reploide di nuova generazione e quindi può prendere le sembianze degli altri reploidi, in questo modo dimostra che era lui Spider e che per tutto il tempo si stava fingendo un amico prezioso.
Redips usufruisce del Supraforce Metal con il quale si trasforma e mette in seria difficoltà il gruppo di X e Zero, però uno dei superstiti dell'esercito Liberion, cioè Ferham, raggiunge il luogo della lotta e sottrae a Redips una parte del Supraforce Metal concedendo un vantaggio a X, Zero e ai compagni. Dopo aver sconfitto Redips e distrutto una parte del Supraforce Metal, X, Zero e compagnia devono tornare sulla terra, mentre che Ferham si getta nel vuoto della spazio insieme a quel che resta del Superforce Metal per distruggerlo.
Dopo Mega Man X e prima di Mega Man Zero
La guerra accennata in una delle missioni di X e Zero, si può evitare tramite un progetto svolto durante alcune ricerche dopo che Zero ha dato in dono il suo corpo per essere analizzato. Attraverso il virus di cui è portatore, si creò un antivirus con cui fu possibile eliminare il Sigma Virus: le intelligenze artificiali chiamate elfi cibernetici (Cyber-Elfs).
Tra gli elfi cibernetici vi è l'elfo madre (Mother Elf), l'elfo cibernetico che ha il compito di far ritornare i mavericks alla normalità senza dover rincorrere alla violenza, gli elfi cibernetici sono in grado di potenziare le capacità dei reploidi e possono offrire supporto tecnico e morale a gli umani. Venne fondata la città-stato Neo Arcadia, un luogo in cui umani e reploidi possono ritornare a vivere in pace. Le guerre mavericks finiscono grazie all'elfo madre.
Tuttavia il corpo originale di Zero viene sequestrato da un certo Dr. Weil che aveva in mente altri piani, sequestra anche l'elfo madre trasformandolo nell'elfo oscuro (Dark Elf) grazie alla quantità di virus che vi è nei circuiti del corpo di Zero. Weil riesce a creare persino un potente reploide chiamato Omega. Vengono persino create delle copie del modificato elfo madre, le copie vengono chiamate cuccioli di elfo (Baby Elfs).
Una nuova guerra chiamata la guerra degli elfi (Elfs Wars) esplode provocando il massacro del 90% dei reploidi e del 60% dell'umanità, Zero a sua insaputa aveva ricevuto un corpo nuovo in cui i suoi ricordi restano intatti e raggruppandosi con X, mettono fine al conflitto, ma Zero, pensando di essere un pericolo per tutti, decide di sigillarsi nuovamente inconsapevole che la sua anima non era più nel suo corpo originale ma in una copia. X raggiunge il luogo in cui il suo amico si rinchiuse ma ormai era troppo tardi, non era possibile risvegliare Zero durante i prossimi 100 anni.
Weil viene punito per le sue azioni, egli viene rinchiuso in una cella con le sue memorie trasferite in un corpo meccanico, e Omega (contenente al suo interno il corpo originale di Zero) viene spedito e imprigionato nello spazio.
X decide di usare il suo corpo per poter imprigionare l'elfo oscuro. L'anima di X sarebbe restata comunque intatta e con i suoi poteri.
Passati alcuni anni, X si mette d'accordo con una ragazza prodigio, Ciel, di usare il suo DNA per creare dei sostituti per Neo Arcadia, essi sarebbero: Una copia dello stesso X e quattro guardiani con gli aspetti di alcune delle armature di X usate secoli fa.
Tuttavia la copia di X decide di eliminare tutti i reploidi che non facevano parte della Neo Arcadia, considerandoli ingiustamente dei mavericks. Ciel capisce che deve fare qualcosa, così come era giusto proteggere gli umani, era giusto proteggere anche i reploidi.
Mega Man Zero
Mega Man Zero
Zero viene risvegliato da Ciel dopo un letargo di 100 anni ed inizialmente non ha alcun ricordo. La ragazza chiede aiuto a lui per uscire dal luogo in cui si trovano. Zero e Ciel si trovano in difficoltà ma un misterioso "elfo cibernetico" li aiuterà.
Ciel chiede a Zero di affrontare Neo Arcadia, comandata dalla copia di X, senza accennargli che si tratta di una copia di X: ma Zero, nonostante i suoi dubbi, aiuterà la ragazza e i membri della resistenza.
Zero rovinerà lentamente i piani della copia di X, sconfiggendo persino i quattro guardiani Hidden Phantom, Sage Harpuia, Fighting Fefnir e Fairy Leviathan.
Grazie all'aiuto del vero X, Zero raggiunge Neo Arcadia, dove sconfigge nuovamente i quattro guardiani, uno di loro, in questo caso Phantom, si sacrifica autodistruggendosi per evitare che Zero proceda, ma Zero scampa alla sua autodistruzione e raggiunge la stanza in cui si trova la copia di X sconfiggendolo.
Il santuario esplode e Zero viene messo in salvo grazie all'elfo cibernetico che lo aveva aiutato prima, cioè il vero X che gli chiede di proteggere umani e reploidi in quanto egli aveva già combattuto abbastanza durante l'assenza di Zero.
Mega Man Zero 2
Zero avrebbe continuato a combattere i componenti della Neo Arcadia durante un anno intero visto che Ciel e i membri della resistenza non sono riusciti a trovarlo, Zero è consapevole che deve trovare Ciel e la resistenza. Dopo aver esaurito le forze, Zero sviene e a trovarlo è Harpuia, che pur avendo l'opportunità di ucciderlo, lo risparmia e lo porta nella nuova base della resistenza.
Zero dopo essere stato ricoverato, scopre che la resistenza ha un nuovo leader: Elpizo, un reploide cui vero nome è TK-31 e che era stato considerato un maverick dalla Neo Arcadia a causa di informazioni riservate trovate da quest'ultimo, sequestro poi un elfo cibernetico e decise di cambiare il suo nome in Elpizo, che vuol dire "progetto speranza".
Elpizo ha intenzione di distruggere Neo Arcadia perché secondo lui è il modo migliore per stabilire la pace fra gli umani e i reploidi, Zero però non è convinto di ciò e Ciel tanto meno, ma la ragazza ha le sue buone ragioni per fidarsi di lui, difatti fu proprio lui ad aiutare la resistenza durante l'assenza di Zero.
Zero porterà a termine alcuni lavoretti per conto di Elpizo e inseguito X a forma di elfo cibernetico compare davanti al suo amico accennandogli che i due cuccioli di elfo cercano la loro "mamma", che sarebbe l'elfo oscuro imprigionato dallo stesso X cento anni fa.
Elpizo verrà poi sedotto da quei piccoli elfi cibernetici e cambierà piani: Distruggere sia Neo Arcadia che gli umani per lasciare il mondo solo ai reploidi. Zero riesce ad infiltrarsi nuovamente a Neo Arcadia dove però i tre guardiani rimanenti vogliono fermare sia lui che Elpizo. Fefnir, Leviathan e Harpuia vengono contaminati dall'energia oscura dei cuccioli di elfo (Harpuia ne viene persino manipolato) e nonostante la loro potenza vengono sconfitti ancora una volta da Zero, Elpizo però ha raggiunto il luogo in cui Neo Arcadia conserva il corpo originale di X che imprigiona l'elfo oscuro e neutralizzando sia Zero che l'energia di X, distrugge il corpo originale di X liberando l'elfo oscuro.
Elpizo si fonde sia con l'elfo oscuro, che con le sue due piccole coppie. Nonostante il grande potenziale ottenuto da Elpizo, Zero ha la meglio. Elpizo riprende coscienza, ed è dispiaciuto di ciò che ha commesso, ma egli, prima che possa morire, si scinde con l'elfo oscuro tornando momentaneamente nella sua vera forma e nella sua buona natura. Quest'ultiomo guarisce Elpizo dandogli la possibilità di vivere come un elfo cibernetico. Poi scomparendo come forma di elfo cibernetico, accenna al suo amico Zero che l'elfo oscuro era stato alterato e modificato da un certo Dr. Weil. Così Zero inizia a ricordare pian piano ciò che successe un secolo fa.
Mega Man Zero 3
Sono passati due mesi dalla liberazione dell'elfo oscuro. Omega e il Dr. Weil vengono liberati dalla loro prigionia ma non riescono a recuperarlo, Copy X è stato risuscitato ma è sotto il controllo dello scienziato malvagio. Ciel ha finito il suo progetto benefico chiamato Ciel System e mentre si parla di ciò, la ragazza, insieme a Zero e ad alcuni membri della resistenza stanno indagando sulle montagne riguardo ad una strana nave spaziale che si schiantò sul luogo, mentre allo stesso tempo vi sono segnali dell'elfo oscuro nelle vicinanze. Zero incontrerà successivamente ancora una volta Harpuia, Leviathan e Fefnir.
Leviathan e Fefnir stanno combattendo contro il temibile Omega che dopo averli messo fuori combattimento viene affrontato da Zero. Harpuia entra in azione per danneggiare Omega ma intervengono Copy X e il Dr. Weil. Harpuia non può affatto credere che il suo maestro stia dando fiducia ad un criminale come Weil, anche se Copy X come già detto è sotto il suo controllo.
L'obbiettivo di Zero, Ciel e i membri della resistenza in questa nuova battaglia, consiste nell'evitare che Neo Arcadia ottenga l'elfo oscuro, tuttavia dopo che Zero ha fatto piazza pulita su alcuni nemici, i cuccioli di elfo sono ancora in circolazione e nutrono un rancore profondo nei confronti di Zero a tal punto di schierarsi dalla parte di Weil, tenendo conto che lui ne è in parte il creatore. Inseguito Weil decide di lanciare un missile con Omega e con i cuccioli di elfo per far sì che l'elfo oscuro gli raggiunga. La zona colpita dal missile era un territorio di popolazione umana, Omega si fonde con l'elfo oscuro come desiderato da Weil.
Harpuia entra di nuovo in azione infuriato per via delle vite umane massacrate dal missile lanciato da Weil. Omega ormai potenziato, ferisce Harpuia e prima che possa colpire Zero, i due vengono riportati indietro da Ciel. Harpuia viene ricoverato mentre Copy X contatta Ciel chiedendole di consegnarle il Ciel System da lei creato per mettere fine ai conflitti ma Ciel si rifiuta perché non può fidarsi di Copy X e Weil.
Copy X infuriato decide di mandare altre truppe per eliminare Ciel, Zero e tutti e membri della resistenza, ma Zero prevale e si infiltra nuovamente in territorio Neo Arcadia per fronteggiare Copy X. Dopo aver sconfitto ancora una volta Copy X, il vero X entra in scena svelando alla sua copia che Weil non ha fatto altro che manipolarlo, Copy X viene sacrificato perché ritenuto ormai inutile e Weil diventa il nuovo leader di Neo Arcadia promettendo falsamente la pace.
Zero dopo alcune battaglie e pericoli scopre, insieme a Ciel che l'obbiettivo di Weil è proprio quello di ripetere la guerra degli elfi cibernetici come fece 100 anni fa. X grazie alle sue capacità riesce a mettere Ciel e i membri della resistenza in salvo, mentre che Zero deve fermare Weil e Omega che stanno spargendo l'energia oscura in tutto il mondo manipolando i reploidi e terrorizzando gli umani.
Zero grazie alla ciber-tecnologia raggiunge il cosiddetto spazio cibernetico dove riposano le anime dei reploidi e si confronta per l'ultima volta con Phantom che accenna di sapere certe cose su Omega ma che spetta a Zero scoprirle. Uccisi le due antipatiche coppie restanti dell'elfo oscuro, affrontati e superati altri pericoli, Zero si confronta con Omega nelle profondità di Neo Arcadia. Distrutto il vero corpo di Omega, persino trasformato e con dimensioni più grosse a causa dei poteri ottenuti, spunta fuori il vero corpo di Zero dove la coscienza di Omega e l'elfo oscuro sono rimasti intatti.
Dopo un durissimo scontro, il vero X, Harpuia, Fefnir e Leviathan entrano in scena e indeboliscono Omega, Zero viene incoraggiato a distruggere il suo vero corpo per poter fare in modo che il virus al suo interno e i poteri dell'elfo oscuro possano essere finalmente neutralizzati. Distrutto il suo vero corpo che provoco un'immensa esplosione a causa del potere fuori controllo, Zero viene messo in salvo dall'elfo oscuro che ritorna ad essere madre elfo, purtroppo non ci fu niente da fare per Fefnir, Leviathan e Harpuia.
X ormai è destinato ad spegnersi dopo la distruzione del suo vero corpo e di fronte al suo amico per l'ultima volta nel mondo dei vivi, si salutano, elfo madre è finalmente libero dalla maledizione che per anni l'aveva tormentata.
Mega Man Zero 4
Dopo aver preso il controllo di Neo Arcadia, il perfido Dr. Weil pretende di eliminare tutti gli umani che non vivono all'interno di essa. Weil sta trattando gli umani all'interno di Neo Arcadia come suoi schiavi e adesso vogliono la libertà.
Zero, Ciel e i membri della resistenza dopo aver lottato duramente per il bene dei reploidi, dovevano ora lottare per il bene degli esseri umani e stabilire la pace fra le due specie viventi. Zero si occuperà di proteggere dalle grinfie di Weil un gruppo di umani che sta andando in un luogo in cui madre natura sta ricrescendo e cioè Area Zero (Chiamata così dopo che secoli fa, Eurasia si schiantò contro la terra provocando molte perdite, questo evento come scritto sopra è presente durante Mega Man X 5).
Gli umani rifugiati in Area Zero non vogliono saperne dei reploidi e si rifiutano di cooperare con Zero, Ciel e la resistenza riguardo all'attacco che Weil ha pianificato.
Zero deve fronteggiare gli otto maverick inviati da Weil per distrarlo e per finire di ultimare Ragnarok, l'arma spaziale (Simile alla Final Weapon di Mega Man X 4) con cui intende eliminare gli umani. Gli otto maverick hanno come coordinatore un reploide di nome Craft che si è alleato con Weil per paura e che sta cercando di proteggere la ragazza che ha avuto l'idea di rifugiarsi insieme a gli altri umani in Area Zero, Neige, già incontrata in precedenza da Ciel e Zero.
Zero dopo aver eliminato i guerrieri di Craft e di averlo affrontato, deve fermare Ragnarok, ma Craft ha intenzione di ribellarsi a Weil, quindi quest'ultimo punta il cannone su Neo Arcadia, Zero raggiunge Craft sconfiggendolo una seconda volta ma Craft muore a causa delle ferite subite e ormai aveva già sparato distruggendo Neo Arcadia e coinvolgendo alcune vite umane.
Tutti sono convinti che Weil è stato eliminato e quel che resta è solo distruggere Ragnarok che dopo aver sparato di nuovo, sta puntando nuovamente il cannone su Area Zero. Dopo la disattivazione dei sistemi di attacco di Ragnarok, Zero ci ritorna per poter distruggerlo, ma Weil con il suo corpo meccanico raggiunge il luogo dicendo che egli in realtà è un umano modificato in un corpo di androide, quindi non può invecchiare ed è quasi immortale. Weil svela il perché del suo odio verso gli umani pur essendo uno di loro, si fonde con il nucleo di Ragnarok venendo sconfitto da Zero ma come ultima risorsa si fonde anche con Ragnarok.
Zero capisce di non avere scelta e di dover distruggere il nucleo di Ragnarok che provocherà una forte esplosione nucleare che non deve assolutamente raggiungere la terra.
Zero prevale allo scontro uccidendo Weil, distruggendo Ragnarok e il suo nucleo. Sulla terra, tutti su Area Zero capiscono di essere salvi, ma che per Zero probabilmente non ci fu scampo.
Eredità
Durante gli avvenimenti di Mega Man ZX si scopre che i resti di Zero, insieme a quelli di X e dei quattro guardiani della estinta Neo Arcadia, sono stati usati da Ciel per costruire i biometalli, attrezzature di alta tecnologia che donano agli umani prescelti alcune delle capacità degli eroi che le possedevano in passato, fra cui disporre persino dei loro ricordi.
