Ha iniziato ad allenare a 30 anni, partendo dalla squadra della sua città, il Real Saragozza. Nel 1995 ha vinto la Coppa delle Coppe, il trofeo più importante della storia del club. Dopo aver allenato il Tenerife e il Betis, è passato al Porto, con il quale ha vinto la Coppa Intercontinentale, ma è stato esonerato nella stessa stagione. Nel 2006 è ritornato al Real Saragozza, ottenendo l'accesso alla Coppa UEFA, ma l'anno successivo è stato allontanato a causa dei brutti risultati della squadra, che al termine della stagione sarà retrocessa in Segunda División.
Nel gennaio 2010 torna al Betis, nel frattempo retrocesso in Segunda División, con l'obiettivo di riportarlo nella massima categoria. A seguito della mancata promozione, il contratto in scadenza di Fernandez non viene rinnovato. Dopo essere rimasto per 3 anni senza panchina, il 9 gennaio 2013 firma un contratto valido fino al termine della stagione con il Gent, in Belgio. Nel 2014 accetta l'incarico di allenare il Deportivo de La Coruña. Il 9 aprile 2015 viene esonerato[1].