La prima fase della competizione ricalca la struttura della UEFA Champions League: 32 formazioni Under-19 delle squadre qualificatesi alla fase a gironi della massima competizione europea sono ammesse alla fase a gironi della competizione, il cui calendario ricalca fedelmente quello delle squadre maggiori, a meno di decisioni diverse dei club o di particolari esigenze di tipo logistico o televisivo.
Le prime e le seconde classificate di ogni girone si qualificano alla fase a eliminazione diretta, strutturata in maniera differente alla competizione maggiore. Infatti, ottavi e quarti si disputeranno in gara singola a partire dal mese di febbraio. In particolare, agli ottavi di finale, come avviene per la Champions League, non possono incontrarsi squadre dello stesso Paese o che si siano già affrontate nella fase a gironi, mentre ai quarti il sorteggio è libero. Inoltre, le prime classificate dei gironi incontreranno in casa le squadre seconde classificate, mentre ai quarti la squadra di casa sarà stabilita dal sorteggio. Tutte le gare a eliminazione diretta che termineranno in parità, saranno risolte ai calci di rigore, senza la disputa dei tempi supplementari.
Semifinali e finale si disputeranno sotto forma di fase finale su campo neutro, in questa edizione a Nyon, sede della UEFA.[1]
Le 32 squadre sono state inserite nelle quattro urne del sorteggio per la Champions League, il 29 agosto 2013 al Grimaldi Forum di Monte Carlo, in base al loro ranking 2013, con la squadra detentrice del trofeo automaticamente inserita nell'Urna 1. Le squadre sono state inserite in otto gruppi di 4 squadre. Formazioni della stessa federazione non possono incontrarsi. Il sorteggio è valido anche per la Youth League.