La Tre Valli Varesine 1966, quarantaseiesima edizione della corsa, si svolse il 7 agosto 1966 su un percorso di 278,7 km. La vittoria fu appannaggio dell'italiano Gianni Motta, che completò il percorso in 7h13'34", precedendo i connazionali Italo Zilioli e Vito Taccone.
Sul traguardo di Varese 42 ciclisti, sui 92 partiti dalla medesima località, portarono a termine la competizione.
Ordine d'arrivo (Top 10)
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