Dal 2016 al 2018 vi ha inoltre prestato servizio a frequenza bioraria la linea S30 della rete celere del Canton Ticino, operante la relazione Bellinzona-Luino-Malpensa Aeroporto; a decorrere da giugno 2018 tale relazione viene soppressa e sostituita dalla linea S40, operante (sempre a cadenzamento biorario) la tratta Malpensa T2-Varese-Mendrisio-Como[3]. Da giugno 2019 il collegamento transfrontaliero, divenuto giornaliero e a cadenza oraria, è garantito dalla linea S50 da e per Bellinzona (via Varese, Mendrisio e Lugano). Tali servizi sono in carico alla società TiLo.
In seguito alla rimodulazione dei voli nello scalo a causa della pandemia di COVID-19, il servizio ferroviario è stato limitato nella stazione di Malpensa T1, con la conseguente chiusura dell’impianto. La stazione è tornata operativa a partire dal 31 maggio 2023, giorno nel quale è avvenuta la riapertura del relativo terminal aeroportuale.
Strutture e impianti
La stazione è di testa e dispone di 4 binari tronchi in uso per il servizio viaggiatori.
L’impianto, ai fini della circolazione, è classificato come posto periferico, telecomandato dal DCO con sede a Saronno.
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