L'area attorno alla stazione di Hongōdai era un tempo parte dei magazzini di carburante per la Marina imperiale giapponese, con una linea ferroviaria che la connetteva alla stazione di Ōfuna. Nel dopoguerra l'area divenne un'importante area di stoccaggio chiamata "Ōfuna PX", che supportava le commissioni delle diverse basi americane dislocate nell'area circostante. La proprietà dell'area ritornò al governo giapponese nel 1965 e si sviluppò in un distretto residenziale. La linea Keihin-Tōhoku delle Ferrovie Nazionali Giapponesi (JRN) venne estesa dal suo allora capolinea di Yōkōdai a Ōfuna nel 1973 e la stazione di Hongōdai venne inaugurata il 9 aprile dello stesso anno. A partire dal 1º aprile 1987, la stazione è gestita dalla JR East, dopo la privatizzazione della JNR.