Lo Stato Maggiore fu più volte sciolto e ricostituito a partire dal 1816; talvolta le sue funzioni erano divise fra più comandanti, come nel regolamento del 1818, quando fu tripartito fra tre colonnelli.[1]
Fu solo con la riorganizzazione definitiva degli anni 1830-33, sotto Ferdinando II, che la pianta organica dello Stato Maggiore divenne stabile.
L'organizzazione era già stata definita nel 1819. Il re, o un suo delegato, deteneva il titolo di Capitano generale dell'esercito. Lo Stato Maggiore era costituito da due Comandi Generali, quello principale con sede a Napoli, e quello secondario con sede a Palermo, rispettivamente guidati da due tenenti generali: un Capo di Stato Maggiore ed un Sotto-Capo di Stato Maggiore. Essi dipendevano dal Ministero della Guerra.
Talvolta il Re esercitava direttamente il controllo dell'esercito, scavalcando il ministero, e ordinando direttamente al Comando generale di Napoli, data la sede.
Giancarlo Boeri, Pietro Crociani e Andrea Viotti (a cura di), L'Esercito Borbonico dal 1815 al 1830, Tomo I, Roma, Ufficio storico dello Stato Maggiore dell'Esercito, 1995.
Giancarlo Boeri, Pietro Crociani e Massimo Fiorentino (a cura di), L'Esercito Borbonico dal 1830 al 1861, Tomo II, Roma, Ufficio storico dello Stato Maggiore dell'Esercito, 1998.