Il Murata nasce nel 1966 come squadra dell'omonima curazia (Murata) della Città di San Marino. In origine i colori sociali sono giallo e blu, sostituiti in seguito dalle maglie bianconere.
Conclude il primo campionato al nono posto con 16 punti, mentre il primo successo è la vittoria della Coppa Titano nel 1997 contro la Virtus.
In quest'anno la squadra ha vinto anche il suo primo Trofeo Federale.
2006-2007: partecipazione alla Coppa UEFA
Nella stagione 2006-2007 il Murata ha perciò potuto prendere parte per la prima volta alla Coppa UEFA. I campioni sammarinesi hanno affrontato l'APOEL, compagine di Cipro, contro la quale hanno perso 3-1 in trasferta e 4-0 in casa, in una partita disputata allo Stadio Olimpico di Serravalle.
Nel 2007 la squadra riesce a bissare il successo dell'anno precedente classificandosi terza nel girone B e qualificandosi per i play-off, vincendo la finale 4-0 contro il Tre Fiori.
Al Murata riesce anche l'impresa di conquistare la sua seconda Coppa Titano sconfiggendo 2-1 il Libertas.
2007 e 2008: partecipazioni alla Champions League
Nell'estate 2007 per la prima volta una squadra sammarinese gioca i preliminari di Champions League: il Murata affronta il Tampere Utd, campione di Finlandia in carica, e proprio in vista di questo impegno il club conclude un importante acquisto, tesserando il difensore brasiliano Aldair. Nel primo incontro, svoltosi a San Marino il 17 luglio 2007, il Murata viene sconfitto dal Tampere per 2-1, mentre al ritorno in trasferta finlandese, giocato il 25 luglio 2007, il Murata perde 2-0.
Al termine della stagione il Murata si laurea nuovamente campione di San Marino, conquistando il diritto di partecipare nuovamente al primo turno preliminare della UEFA Champions League 2008-2009, che nel luglio 2008 lo vede opposto ai forti svedesi dell'IFK Göteborg per il quale espressero la volontà di ottenere l'apporto sul campo di Christian Protti, cugino di Igor Protti, così come avevano fatto l'anno precedente con l'ex romanista Aldair. La partita d'andata, giocatasi a San Marino, si è conclusa per 5-0 per gli svedesi. Il ritorno ha visto i sammarinesi contenere la sconfitta, limitando il punteggio sul 4-0.
Cronistoria
Cronistoria della Società Sportiva Murata
1966 - Anno di fondazione col nome Società Sportiva Murata.