Figlio del politico Rafael Roncagliolo, ha dovuto abbandonare con la famiglia il Perù[1] a causa delle crescente tensione dovuta al Presidente Juan Velasco Alvarado[2][3]. Santiago ha successivamente potuto compiere gli studi secondari nella terra natale, presso il cattolico Collegio de la Inmaculada[1][2][3].
Come scrittore ha iniziato scrivendo storie per bambini[2].
Nel 2000 si è trasferito a Barcellona[1]. All'inizio sono stati tempi duri[1]: racconta infatti di essersi pagato l'affitto pulendo case. Tuttavia, nel 2006, grazie al thrillerAbril Rojo, ha vinto l'ambito Premio Alfaguara de Novela[1][3] (uno dei più pecuniariamente consistenti al mondo). Grazie alla traduzione inglese, Red April, nel 2011 ha vinto un premio ancora più prestigioso: l'Independent Foreign Fiction Prize. In entrambi i casi, è stato il primo vincitore peruviano.