Pietro di Braganza sposò la nipote Maria del Portogallo il 6 giugno 1760. Al momento delle loro nozze, Maria aveva 25 anni e Pedro 42. Nonostante la differenza di età, la coppia ebbe un matrimonio felice. Pietro divenne automaticamente co-monarca (come Pietro III del Portogallo) quando Maria salì al trono, poiché era già nato un figlio dal loro matrimonio. La coppia ebbe sei figli e un bambino nato morto, dei quali solo tre raggiunsero l'età adulta.
Regno
Secondo l'usanza, Pedro divenne quindi re del Portogallo per diritto di sua moglie.
Pedro non fece alcun tentativo di partecipare agli affari di governo, trascorrendo il suo tempo cacciando o in esercizi spirituali.
Egli difese anche l'alta nobiltà portoghese, e patrocinò le suppliche delle persone accusate nell'Affare Tavora, il cui reinserimento era oggetto di nuove azioni legali, in cui gli eredi chiedevano la restituzione delle loro proprietà confiscate.
José Francisco Xavier de Paula Domingos António Agostinho Anastácio sposò l'Infanta Benedetta del Portogallo e non ebbe figli. La sua morte portò suo fratello minore a diventare erede apparente e poi re.
Maria Ana Vitória Josefa Francisca Xavier de Paula Antonieta Joana Domingas Gabriela sposò l'Infante Gabriele di Spagna ed ebbe figli.
Maria Clementina de Bragança
9 giugno 1774
27 giugno 1776
Maria Clementina Francisca Xavier de Paula Ana Josefa Antónia Domingas Feliciana Joana Michaela Julia de Bragança nacque al Palazzo Nazionale di Queluz.