Si occupò anche di letteratura, tradusse le pastorali di Longo Sofista, scrisse una novella intitolata Diane de Castro, e scrisse un Trattato sull'origine dei romanzi, una storia del genere romanzesco che tenta, invano, di fissarne le regole; tuttavia è la prima storia del romanzo. Nella Querelle des Anciens et des Modernes prese le parti dei primi contro Charles Perrault e Jean Desmarets de Saint-Sorlin. Pubblicò poesie in latino e in greco, tra le quali Daphnis et Chloé, opere filosofiche in latino e in francese e una raccolta di pensieri, Huetiana. Era legato a Paul Pellisson, Valentin Conrart, Jean Regnault de Segrais, con il quale finì per litigare, e Jean Chapelain, di cui difese la Pucelle. Frequentò anche il salotto di Madeleine de Scudéry e studi di pittori. Si dedicò alle medaglie e alla loro origine, di cui discusse con Samuel Bochart, e nel frattempo studiava l'arabo e il siriaco con il gesuita Adrien Parvilliers.
Combatté la filosofia di Cartesio, dopo esserne stato, in gioventù, un ammiratore, ma il suo biografo, l'abate d'Olivet non lo vedeva come uno scettico. Pubblicò, con l'aiuto di Anne Dacier, una serie di classici latini ad usum Delphini, cioè per l'erede al trono, di cui era sotto precettore. Il suo gusto per la matematica lo portò a studiare astronomia e anatomia, in particolare si occupò, spinto dalla propria miopia, delle questioni relative agli occhi e la vista. In seguito si dedicò alla chimica e scrisse un poema in latino sul sale.
Membro della "Académie royale des Belles-Lettres" di Caen, fondò in questa città l'"Accademia di fisica di Caen" nel 1662 insieme ad André Graindorge. A Parigi, presso i Gesuiti, era membro di un'altra accademia che sovvenzionava Jean-Baptiste Colbert, di cui Michaults disse: "Padre Oudin ricordava sempre con piacere le lezioni apprese del gabinetto del signor Huet, dove era una volta di più il vantaggio di essere ammesso". Fu ammesso il 30 luglio 1674 alla Accademia di Francia, dopo che erano state respinte in precedenza le richieste di Jacques Bénigne Bossuet, Paul Pellisson, Louis de Courcillon de Dangeau e Charles de Sainte-Maure. Morrà come decano dell'accademia.
Prese gli ordini nel 1684, e fu nominato vescovo di Soissons nel 1685, per poi essere trasferito, nel 1692, alla diocesi di Avranches, stanco di aspettare il suo insediamento nel 1699 scambiò il vescovado con l'Abbazia di Fontenay, per poi dimettersi e trascorrere gli ultimi vent'anni della sua vita nella casa dei Gesuiti di Parigi. Alla fine della sua vita, compose un Commentarius, cioè le sue memorie.
Il re acquisì per la Biblioteca Reale la sua grande biblioteca e i suoi manoscritti, che aveva lasciato in eredità ai gesuiti.
Huet era conosciuto per il suo temperamento, che fece dire a La Londe che era "di coloro contro i quali non è possibile avere ragione". Lo spirito di contesa, portato al punto più alto che lo caratterizzava, lo portò a litigare con Nicolas Boileau e Segrais che disse che sarebbe "più facile cambiare un nero in un bianco piuttosto che fare cambiare opinione ad Huet".
Huetiana, ou Pensées diverses de M. Huet, Éd. abbé d'Olivet, Paris, J. Estienne, 1722 Testo online
Recherches sur la ville de Caen et ses environs, 1702
Dissertations sur diverses matières de religion et de philosophie, 1712
Le grand trésor historique et politique du florissant commerce des Hollandais... , 1712
Histoire du commerce et de la navigation des anciens, 1716
Mémoire sur le commerce des Hollandais, 1717
Traité philosophique de la faiblesse de l'esprit humain, Londres : J. Nourse, 1741 Testo online
Traité de l'origine des romans suivi d'observations et de jugemens sur les romans français, avec l'indication des meilleurs romans qui ont paru surtout pendant le XVIIIe siècle jusqu'à ce jour, Paris, N.-L.-M. Desessarts, an VII Testo online
Mémoires de Daniel Huet traduits pour la première fois du latin en français par Charles Nisard (Éloge historique de l'auteur, par l'abbé d'Olivet. Lettre de M. Huet à M. Perrault sur le parallèle des anciens et des modernes. Lettre de M. Huet à M. le duc de Montausier dans laquelle il examine le sentiment de Longin sur le passage de la Genèse : "et Dieu dit : que la lumière soit faite". Réfutation d'une dissertation de M. Le Clerc contre Longin), Paris, Hachette, 1853 Testo online
Mémoires, nouvelle édition précédée d'une introduction et annotée par Philippe-Joseph Salazar, Paris/Toulouse, Klincksieck/Société de littérature classique, 1993, 170 p. ISBN 2-908728-13-3
Traité de l'origine des romans, Éd, critique, accompagnée d'une introduction et de notes, Amsterdam, 1942
M. T. Dougnac, « Un évêque bibliophile au dix-septième siècle. Huet et set livres », in: Humanisme actif 2, 1968, 45 ss.
April Shelford, Faith and glory: Pierre-Daniel Huet and the making of the Demonstratio Evangelica (1679), Tesi di Ph. D., Princeton University, 1997.
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Elena Rapetti, Pierre-Daniel Huet: erudizione, filosofia, apologetica, Milano, Vita e pensiero, 1999.
Fondazione Mansutti, Quaderni di sicurtà. Documenti di storia dell'assicurazione, a cura di M. Bonomelli, schede bibliografiche di C. Di Battista, note critiche di F. Mansutti, Milano, Electa, 2011, pp. 187-188.
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