Cresciuto nel settore giovanile del Benfica, Bernardo firma il suo primo contratto da professionista il 26 febbraio 2018[1] e debutta nella squadra riserve in una gara di Segunda Liga contro il Vilafranquense il 2 febbraio 2000. Il suo allenatore dell'epoca, Renato Paiva, lo elogia descrivendolo come una delle "future stelle della squadra".[2]
Benfica
Dopo una stagione 2020-2021 promettente per Bernardo nella squadra riserve, la successiva stagione continua sulla stessa linea e ottiene il premio di "centrocampista del mese" della Segunda Liga nei mesi di ottobre e novembre.[3] Il 2 novembre 2021 debutta in prima squadra nella gara di Champions League tra Benfica e Bayern Monaco, entrando al 77° minuto (gara finita 5-2 per i bavaresi).[4] Nella stessa settimana, il 7 novembre, debutta anche in Primeira Liga sostituendo l'infortunato João Mário al 23° minuto nella partita contro il Braga (finita con il punteggio di 6-1 per il Benfica).[5]
Paços de Ferreira
Il 31 gennaio 2023, il Benfica decide di cedere Bernardo in prestito al Paços de Ferreira fino alla conclusione della stagione.[6] È del 6 marzo 2023 il primo goal segnato dal giocatore per il Paços, nella sconfitta per 2-1 subita dal Casa Pia.[7]
Celtic
Il 1° settembre 2023, il Celtic di Glasgow allenato da Brendan Rodgers annuncia l'arrivo in prestito dal Benfica di Bernardo, con un accordo che prevede l'opzione per il suo acquisto.[8] Il 30 dicembre 2023 segna uno dei due goal per i biancoverdi nel derby vinto 2-1 contro il Rangers[9] Con il Celtic ottiene il suo primo trofeo nel suo palmares, vincendo il campionato e la Coppa di Scozia.
Prima dell'inizio della stagione successiva, il 1° agosto 2024, il Celtic annuncia il riscatto definitivo di Bernardo acquistando il cartellino dal Benfica per un valore di 4 milioni di euro e concludendo con il giocatore portoghese un accordo quinquennale.[10]
