Dopo essere stato nei Michigan Bucks, Noonan è stato scelto al primo turno della MLS superdraft dal New England Revolution nel 2003. Anche se ha iniziato lentamente, presto riprese la sua modalità di punteggio, finendo la sua prima stagione con i Revs con dieci reti e sette assist, e runner-up a Damani Ralph. Ha fatto ancora meglio il suo secondo anno, segnando undici gol e la registrazione di otto assist. Noonan nella stagione 2006, acciaccato da ferite, ha partecipato a solo 14 partite, segnando un solo gol. Nel 2007 si ferì ancora una volta e poi è diventato un sostituto quando riacquistò la sua forma fisica. Tuttavia, tornato in forma, ha concluso la stagione con 7 gol. Noonan per la stagione 2008 non ha rinnovato il contratto con il New England Revolution e il 23 gennaio 2008 ha firmato con il club norvegese dell'Aalesunds FK.
Noonan è stato ceduto ai Colorado Rapids, nel giugno 2009. Dopo aver fatto 17 presenze in campionato, ha deciso di lasciare i Rapids[1] e, dopo un processo breve con il Seattle Sounders FC, ha firmato con il club il 30 marzo 2010. Per la stagione 2012 è selezionato dai Los Angeles Galaxy durante il Re-Entry Draft 2011.
Nazionale
Noonan ha fatto la sua prima presenza per la nazionale il 13 marzo 2004 contro la nazionale di Haiti. Mentre lui ha accumulato 12 presenze, lesioni e incoerenza gli hanno impedito di rivendicare un ruolo importante con la squadra nazionale. Tuttavia nei primi mesi del 2008 ha giocato una partita contro la Svezia.
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