Il 25 marzo 1990, nel corso del suo XX congresso, il partito proclamò la propria indipendenza dal PCUS; in contrasto con tale decisione, una componente rifondò il Partito Comunista dell'Estonia, che operò fino all'agosto 1991[1][2]. Il 18 dicembre 1990, lo storico EKP fu ufficialmente registrato e, nel 1992, si trasformò in Partito Democratico Estone del Lavoro (poi Partito della Sinistra Estone).
(RU) Kommunističeskaja partija Ėstonii, su Spravočnik po istorii Kommunističeskoj partii i Sovetskogo Sojuza 1898-1991. URL consultato il 2 febbraio 2017 (archiviato dall'url originale il 3 febbraio 2017).
(RU) Kommunističeskaja partija Ėstonii (KPSS), su Spravočnik po istorii Kommunističeskoj partii i Sovetskogo Sojuza 1898-1991. URL consultato il 2 febbraio 2017 (archiviato dall'url originale il 20 dicembre 2016).