La gara di nuoto dei 100 metri rana maschili dei Giochi della XXVIII Olimpiade di Atene è stata disputata tra il 14 e il 15 agosto 2004 presso l'Athens Olympic Aquatic Centre ed ha visto la partecipazione di 60 nuotatori provenienti da 55 paesi. La medaglia d'oro è stata vinta dal giapponese Kōsuke Kitajima, davanti allo statunitense Brendan Hansen ed al francese Hugues Duboscq.
Prima della competizione il record del mondo e il record olimpico erano i seguenti:
Durante l'evento sono stati migliorati i seguenti record:
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