Karabatić ha iniziato la sua carriera professionale al Montpellier Handball. Vince il campionato francese dal 2002 al 2005, ma soprattutto la EHF Champions League nel 2003.
Nell'estate del 2005 passa al club tedesco del THW Kiel, con il quale è diventato campione di Germania dal 2006 al 2009, e vincendo la Champions League nel 2007.
Nell'estate del 2009 lascia la Germania e torna al Montpellier HB, vincendo altri tre titoli nel 2010, 2011 e 2012.
A causa di uno scandalo scommesse lascia il Montpellier e si accasa alla modesta Pays d'Aix, tra febbraio e giugno del 2013.
Terminato il contratto si accasa in Spagna, al Barcellona.
Nell'estate 2015 torna in Francia e si accasa al Paris Saint-Germain Handball, dove vince per nove anni di fila il campionato francese, prima di concludere la sua carriera con le Olimpiadi di Parigi 2024.
Nazionale
Fa il suo esordio in nazionale francese nel 2002. Da quel momento diventa un punto di riferimento per la squadra e vince 4 Mondiali, 3 Europei e 2 Olimpiadi.
Controversie
Il 10 luglio 2015, viene giudicato colpevole di frode e condannato a 10.000 euro di multe dal tribunale di Montpellier[1], è stato processato per frode in caso di scommesse sospette relative al presunto match truccato nel maggio 2012 tra Cesson e Montpellier.[2] Il 1º febbraio del 2017, la corte d'appello di Montpellier conferma la sentenza, condanna a due mesi sospesa e trasformata in 10.000 euro di multa.
Dopo che Karabatić ha rinunciato all'appello in cassazione della decisione, la National Handball League e la FFHB, ritenendo che fosse colpevole di condotta non conforme ai principi e alle regole di condotta professionali, ha deciso di sospendere Karabatić per sei partite in campionato ed in coppa nazionale.
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