La band nacque nel 1983, su iniziativa del cantante Nick Cave e del polistrumentista Mick Harvey, entrambi già membri della rock band The Birthday Party, scioltasi in quello stesso anno, con lo scopo di supportare la carriera solista, come cantautore, di Cave.
Ai due si aggiunsero il chitarrista Blixa Bargeld, membro della già nota band Einstürzende Neubauten, il chitarrista Hugo Race e il bassista Barry Adamson. Inizialmente la band si esibì col nome The Cavemen, cambiandolo dopo poco in Nick Cave and the Bad Seeds.
Nel 1989, quindi, uscì Tender Prey, in cui è presente The Mercy Seat, uno dei brani più conosciuti della band, reinterpretato nel 2000 dal cantante statunitenseJohnny Cash.
L'anno successivo Cave si trasferì a San Paolo in Brasile per vivere con la fidanzata di allora. Venne così pubblicato The Good Son, seguito dalla defezione di Kid Congo Powers.
Il violinista Warren Ellis, già presente come collaboratore in Murder Ballads, entrò nella band per l'uscita, nel 1997, di The Boatman's Call. Nel 2001, uscì No More Shall We Part, quindi, due anni dopo, Nocturama (Mute, 2003)[2]. In quello stesso anno, dopo vent'anni di collaborazione, il chitarrista Blixa Bargeld uscì dalla band.
Nel 2008, venne pubblicato, di nuovo dai The Bad Seeds, Dig, Lazarus, Dig!!!, in seguito alla cui uscita, dopo oltre vent'anni di collaborazione, il membro fondatore Mick Harvey abbandonò la band.
Il 19 febbraio 2013 esce Push the Sky Away, il primo album di studio di Nick Cave and the Bad Seeds senza Mick Harvey, pubblicato sotto l'etichetta discografica Bad Seeds Ltd.[3]
Nick Cave appare insieme ai Bad Seeds nel film Il Cielo Sopra Berlino, nella scena che lo raffigura in un concerto, cantando From Her to Eternity, canzone estratta dal suo omonimo album.
Nella serie televisiva di produzione BBC "Peaky Blinders" è presente la celeberrima "Red Right Hand" (da "Let love in" e poi reiterpretata dagli Arctic Monkeys) come sigla, nonché svariate altre canzoni, tra cui la celebre Bring it on come colonna sonora delle quattro stagioni finora uscite (2017).
Lo stesso brano (versione Mojo Filter Remix) è presente nell’episodio "Ascension" (2x06) della serie X-Files. Il brano é utilizzato anche nella colonna sonora di Scream (1996) di Wes Craven.