Mizuho Sakaguchi viene convocata dall'allora selezionatore della Nazionale giapponeseHiroshi Ohashi fin dal 2006 debuttando nel corso delle qualificazioni all'edizione 2007 del Campionato mondiale femminile di calcio, reinserendola in rosa come riserva nella formazione che conquista la fase finale in Cina. Successivamente viene inserita in rosa con regolarità, sia nei tornei continentali organizzati dall'Asian Football Confederation (AFC) che quattro anni più tardi come titolare nel suo secondo mondiale, Germania 2011, dove con le sue compagne conquista il suo primo titolo mondiale.
Nel 2012 Mizuho Sakaguchi viene selezionata per rappresentare il Giappone con la propria formazione olimpica di calcio femminile che ha preso parte al torneo femminile dei Giochi della XXX Olimpiade.
Durante il torneo segna la sua prima rete in una fase finale di un torneo FIFA, durante gli ottavi di finale, nella partita giocata contro i Paesi Bassi e vinta con il risultato finale di 2-1.