Cominciò la sua carriera nelle giovanili dell'Olimpia Lubiana. Giovane estremamente dotato, fece tre apparizioni in prima squadra nello Železničar Lubiana a 17 anni. Dal 1996 al 1998 si trovò a giocare di nuovo nell'Olimpija Lubiana, segnando 7 gol in 34 partite. Quindi si trasferì alla Stella Rossa.
Giocò a Belgrado per tre anni e mezzo. Nell'estate del 2002 Milenko scelse di andare al Tottenham. Nella sua prima stagione a Londra fece alcune presenze, ma non venne mai schierato negli undici iniziali. Nella seconda stagione, stette per la maggior parte dell'anno in panchina.
Nel gennaio 2004 passò al Lilla, di cui divenne presto titolare. Inoltre giocò in Coppa UEFA, in cui il Lilla fu però eliminato negli ottavi della manifestazione. Alla fine della stagione i Mastifs raggiunsero il secondo posto in Ligue 1, piazzamento che permise loro di giocare le qualificazioni per la Champions League, e successivamente di qualificarsi. Mile non giocò molto, ma segnò contro il Manchester United, in partita nella quale era partito titolare. Il Lilla vinse quella gara 1-0: comunque quello fu l'unico gol dei transalpini nella campagna europea.
Dopo aver giocato in Francia per due stagioni e mezza, Ačimovič decise di accettare l'offerta dell'Al-Ittihad per la stagione 2006-2007. Alla fine dell'esperienza, le parti concordarono per un rescissione consensuale del contratto: Milenko si trasferì all'Austria Vienna.
Si è ritirato dal calcio internazionale nell'agosto del 2007 dopo avere realizzato 13 reti in 74 presenze.[5] Tre di quei 13 gol li ha realizzati nel 3-0 contro la Moldavia del 4 settembre 2004.[6][7]
Statistiche
Cronologia presenze e reti in nazionale
Cronologia completa delle presenze e delle reti in nazionale ― Slovenia
^L'Italia batte la Norvegia 2 a 1, su corriere.it, 5 settembre 2004. URL consultato il 18 marzo 2021 (archiviato dall'url originale il 7 settembre 2004).
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