Mario Baccini inizia la sua carriera politica in qualità di consigliere comunale di Roma (1989-1993) come esponente della Democrazia Cristiana (DC).[2]
Dal 3 dicembre 2004 ha assunto, invece, l'incarico di Ministro per la funzione pubblica, riconfermato dal terzo governo Berlusconi. Sul finire del 2005, il suo nome viene lanciato fra le candidature a sindaco di Roma: a fare la proposta furono i vertici dell'UDC che avevano indicato nella figura di Baccini il proprio candidato per le amministrative della primavera 2006. In un servizio realizzato dalle Iene (2005), viene messa in dubbio la laurea ad Honorem, acquistabile online.
L'Ente per il Microcredito
Nel 2005, in qualità di sottosegretario al Ministero degli Affari esteri, costituisce il Comitato nazionale per il microcredito, di cui si proclama presidente. Il Comitato diviene poi nel 2011 Ente nazionale, con venti dipendenti e una dotazione di 1,8 miliardi l'anno. Mario Baccini percepisce dall'Ente che lui stesso ha istituito un emolumento pari a 108000,00 € (netto mensile 5100,00 €), con decorrenza 2009, dunque anche con sovrapposizione con lo stipendio da parlamentare (di cui ha beneficiato fino al 2013)[6]. Pochi mesi più tardi Mario Monti, nominato premier, avvia il taglio degli sprechi e cancella l'Ente presieduto da Baccini. Trascorre poco tempo e l'Ente torna in vita grazie ad un emendamento in Commissione Bilancio che ripristina il finanziamento.[7] In seguito l'Ente avrà finanziamenti anche dall'Europa.
Vicepresidente del Senato
Alle elezioni politiche del 2006 è stato eletto al Senato della Repubblica, di cui è stato uno dei vicepresidenti. Il 30 gennaio 2008, insieme a Bruno Tabacci, ha lasciato l'UDC,[8][9] dissentendo rispetto alla posizione del partito in occasione del conferimento di un mandato esplorativo di governo a Franco Marini e al riavvicinamento di Pier Ferdinando Casini alle posizioni di Berlusconi in tale circostanza, all'indomani della caduta del Governo Prodi II. Nella stessa data crea con Bruno Tabacci il movimento politico "Rosa per l'Italia", per conto della quale si presenta come candidato sindaco di Roma alle elezioni amministrative del 13 e 14 aprile, dove ottiene lo 0,8% dei consensi.
Di nuovo alla Camera
Alle elezioni politiche del 2008 la Rosa per l'Italia si presenta nell'alleanza dell'Unione di Centro: Baccini viene eletto deputato. Al ballottaggio per il Comune di Roma decide personalmente di appoggiare il candidato di centro-destra Gianni Alemanno[10]. Il 14 maggio 2008, durante la discussione in aula sulla mozione di fiducia al Berlusconi IV ha annunciato di votare a favore, dimettendosi contestualmente da tutti gli incarichi del suo partito ed iscrivendosi al gruppo misto della Camera.
Il 20 giugno presenta il simbolo del suo nuovo movimento politico[11], che si dichiara interessato al percorso costituente del Popolo della Libertà. A metà ottobre 2008, questo percorso viene intrapreso definitivamente, annunciando la partecipazione del movimento alla nascita del PdL. Il 13 maggio 2009 costituisce con i colleghi Giorgio La Malfa e Francesco Nucara la componente del Gruppo misto "Repubblicani Regionalisti Popolari". Il 26 maggio 2010 lascia il Gruppo misto per entrare nel gruppo parlamentare del Popolo della Libertà. Membro del Consiglio Direttivo del PdL alla Camera[12]. Fino allo stesso anno, era capogruppo del gruppo Misto nella 12ª Commissione Affari sociali.
Sposato una prima volta e rimasto vedovo. Due i figli dal matrimonio: Alan e Roberta. Si è quindi risposato con Diana Battaggia. La coppia ha avuto una figlia: Zoe.[16]