Cooper era considerato uno dei migliori prospetti tra le guardie selezionabili nel Draft NFL 2013 e venne pronosticato come una scelta tra le prime dieci assolute[1]. L'ultimo offensive lineman proveniente dalla North Carolina University ad essere scelto nel primo giro era stato Harris Barton nel Draft NFL 1987. Il 25 aprile fu selezionato come settimo assoluto dagli Arizona Cardinals[2][3]. Il 28 luglio firmò un contratto quadriennale del valore di 14,55 milioni di dollari (11,12 milioni garantiti) di cui 8,96 milioni di bonus alla firma[4][5]. Nella terza gara di pre-stagione contro i San Diego Chargers, Cooper si ruppe una gamba, venendo costretto a saltare l'intera annata da rookie[6].
Cooper debuttò come professionista nel 2014 subentrando nel Monday Night Football della settimana 1 vinto contro i Chargers[7]. La sua annata si concluse con 10 presenze, di cui 2 come titolare.
New England Patriots
Il 15 marzo 2016, Cooper, assieme a una scelta del secondo giro del Draft NFL 2016, fu scambiato con i New England Patriots per il Pro BowlerChandler Jones. Iniziò la stagione come riserva, perdendo il posto di guardia titolare in favore di Shaq Mason e del rookie Joe Thuney. Fu svincolato l'8 ottobre 2016.[8]
Cleveland Browns
Il 10 ottobre 2016, Cooper firmò coi Cleveland Browns.[9] Fu svincolato il 27 dicembre 2016.[10]
^(EN) Draft Tracker, NFL.com, 25 aprile 2013. URL consultato il 25 aprile 2013.
^(EN) Pro Football Draft History: 2013, Pro Football Hall of Fame, 27 aprile 2013. URL consultato il 30 aprile 2013 (archiviato dall'url originale il 28 settembre 2013).
^Browns waive OL Jonathan Cooper, su ClevelandBrowns.com, 27 dicembre 2016. URL consultato il 9 febbraio 2017 (archiviato dall'url originale il 29 dicembre 2016).
