Comincia la sua carriera come percussionista, prima di studiare direzione d'orchestra accanto a Pierre Dervaux e Pierre Boulez.[2].
Viene ingaggiato all'età di 30 anni come direttore musicale del Théâtre du Châtelet di Parigi, prima di essere nominato, nel 1969 direttore permanente all'Opéra national de Paris e al Théâtre national de l'Opéra-Comique.
Nel 1971 partecipa alla creazione dell'Orchestra Nazionale dei Paesi della Loira[3], per poi fondare, nel 1976, l'Orchestra Nazionale di Lilla, che dirigerà fin quando, nel 2016, lascerà il posto al giovane Alexandre Bloch.[4]
Dal 2005 al 2008 è il direttore musicale dell'Orchestra Francese dei Giovani.
Nel 2015 dirige, inoltre, le celebri Victoires de la Musique Classique.
Jean-Claude Casadesus è attualmente direttore artistico del Lille Piano(s) Festival, presidente della Scuola Superiore della Musica e della Danza e presidente dell'associazione Musique Nouvelle en Liberté, avente come scopo la diffusione di musica contemporanea ad un pubblico sempre più vasto.[5]