Ha studiato alla Scuola di Ceramiche a Karlovy Vary (si è ritirato nel 1959) e da allora è stato impiegato in molti lavori, per lo più manuali. Nel 1961, dopo aver pubblicato il suo libro-debutto di poesie, si è velocemente affermato come uno dei più amati scrittori della sua generazione. Durante gli anni '70 e '80 (quando non gli era permesso di pubblicare libri) ha preparato molti spettacoli radiofonici su famosi poeti del mondo (in cui spesso - proprio per via del suo amore per le burle - ha scritto lui stesso molte delle poesie), ma i suoi libri non hanno potuto essere pubblicati ufficialmente. Dopo la Rivoluzione di Velluto ha lavorato per un settimanale. Ora lavora come editore nella Edice současné české poezie. È anche un rinomato traduttore dal tedesco, dall'olandese, dall'italiano, dal latino, dal francese e dal russo. Il suo lavoro come editore è maggiormente focalizzato sui poeti cechi dimenticati degli ultimi tre secoli. Un altro poeta ceco, Ewald Murrer, è suo figlio. Ivan Wernisch vive a Praga.
Opere
Dopo la sua prima coppia di libri, piuttosto giocosi, la sua poesia ha cominciato a diventare qualcosa di più onirico ed anche più assurdo. Le sue poesie, piene di grande fantasia basate su neologismi, paesaggi assurdi e parafrasi da altri scrittori, dal 1989 sono diventate sempre più tristi, se non tragiche, ad ogni nuovo libro. È stato influenzato sia dal dadaismo che dall'espressionismo. Gabriele D'Annunzio appare come personaggio in alcuni libri di Ivan Wernisch. I suoi libri, tradotti, sono stati pubblicati in Germania, Italia, Ucraina, Polonia e Stati Uniti. Ha ricevuto il premio Seifert, il Premio Capri e il Premio Franz Kafka.
Libri di poesia
Kam letí nebe (1961)
Těšení (1963)
Zimohrádek (1965)
Dutý břeh (1967)
Loutky (1970)
Zasuté zahrady(výbor z ineditních sbírek) (1984), Londra
Corre voce ovvero la morte ci attendeva altrove, 2005, Italia; a cura di Annalisa Cosentino, trad. di Ivana Oviszach e Anna Maria Perissutti, fotografie di Michal Šanda
In the Puppet Gardens: Selected Poems, 1963-2005, 2007, Stati Uniti