L'Handball Trophy 2008-2009 è stata la quinta edizione del torneo annuale organizzato dalla Federazione Italiana Gioco Handball.
È stato disputato da giovedì 18 a sabato 20 settembre 2008 ed hanno partecipano le otto squadre iscritte al campionato di Serie A Élite 2008-2009.
Gli incontri si sono disputati al Palabursi di Rubiera.
La competizione prevedeva la disputa di due gironi eliminatori da quattro squadre ciascuno con la formula del girone all'italiana con incontri di sola andata; a seguire semifinali e finali.