Giovanni Pietro Natoli (Lipari, 18 aprile 1829 – 23 agosto 1898) è stato un vescovo cattolico italiano.
È nato il 18 aprile 1829 a Lipari, allora sede dell'omonima diocesi.
È stato ordinato presbitero il 5 giugno 1852.
Il 23 giugno 1890 papa Leone XIII lo ha nominato vescovo di Lipari.
Ha ricevuto l'ordinazione episcopale il successivo 4 luglio a Messina dal futuro cardinale Giuseppe Guarino, arcivescovo metropolita di Messina.
È morto il 23 agosto 1898 dopo 8 anni di governo pastorale della diocesi.
La genealogia episcopale è:
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