Questa voce raccoglie le informazioni riguardanti il Futbol'nyj Klub Zenit Sankt-Peterburg nelle competizioni ufficiali della stagione 2013-2014.
In campionato confermò il secondo posto della precedente stagione, dopo una lotta serrata col CSKA Mosca che lo ha preceduto di un solo punto. Da evidenziare il cambio in panchina con l'italiano Luciano Spalletti sostituito a marzo dal portoghese André Villas-Boas.
In Coppa di Russia il cammino si fermò immediatamente ai sedicesimi di finale con la clmorosa sconfitta fuori casa col Tjumen', club di seconda serie.
In Champions League, dopo aver superato agevolmente i danesi del Nordsjælland nel terzo turno preliminare, lo Zenit entrò nel tabellone principale rifilando otto reti tra andata e ritorno ai portoghesi del Paços Ferreira. Inserito nel girone G con Atlético Madrid, Porto e Austria Vienna, arrivò secondo dietro gli spagnoli, conquistando appena sei punti, comunque sufficienti a fargli superare il turno.
Agli ottavi pescarono i tedeschi del Borussia Dortmund contro cui persero per 4-2 all'andata a San Pietroburgo: a nulla valse la vittoria esterna per 2-1, che sancì l'eliminazione dal torneo.
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