Ordinanza sugli standard di benessere degli animali nei canili
Il 26 luglio 2009 ha emesso un'ordinanza sullo standard del benessere animale e sulla qualità delle gare d'appalto per i canili, al fine di contrastare il fenomeno dei "canili-lager" appaltati dai Comuni. Il 2 dicembre 2009 il TAR del Lazio ha sospeso su richiesta di alcuni canili privati, l'ordinanza. Martini ha annunciato l'impugnazione della sospensiva davanti al Consiglio di Stato[7].
Ratifica della Convenzione sulla protezione degli animali da compagnia
Il 2 ottobre 2009 il consiglio dei ministri ha approvato un disegno di legge Martini-Frattini, per la ratifica della Convenzione del Consiglio d'Europa del 1987 sulla protezione degli animali domestici. In base alla convenzione il taglio della coda, delle orecchie, e altre mutilazioni non motivate da esigenze terapeutiche, divengono reati attraverso la modifica dell'art. 544 ter del Codice Penale[8].
Progetto educativo "Io amo i cavalli"
Nel novembre 2009 ha avviato il progetto "Io amo i cavalli" rivolto all'educazione dei bambini all'ippica[9]
Gruppo di lavoro sull'uso delle staminali in veterinaria
Nel dicembre 2009 Martini ha istituito un gruppo di lavoro finalizzato all'approfondimento e alla elaborazione di Linee guida riguardanti i requisiti tecnologici, strutturali ed organizzativi per l'esercizio delle attività sanitarie riguardanti l'utilizzo delle cellule staminali in medicina veterinaria.
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Divieto di impianto di protesi mammarie a minorenni
L'11 dicembre 2009 il consiglio dei ministri ha approvato il disegno di legge Martini-Meloni che, tra le altre cose, vieta l'impianto di protesi mammarie a minorenni. Ciò secondo Martini va incontro “al dilagare di una inconsapevolezza diffusa che rasenta l'incoscienza rispetto all`accesso ad interventi di protesi mammarie che comportano rischio clinico e che non possono diventare fattore di moda o di costume”[11]. Il DDL include inoltre l'istituzione di un Registro delle protesi mammarie[12]
Diversi elementi dell'ordinanza hanno sollevato rilievi per mancanza di chiarezza e inapplicabilità.
L'ordinanza parla di "divieto di detenere e di impiegare sostanze in forma gassosa ad eccezione degli additivi alimentari di cui al comma 2". L'azoto liquido resta quindi consentito, sia perché in forma liquida, sia in quanto additivo alimentare.
In secondo luogo, il provvedimento non vieta gli elementi permessi a livello europeo senza limiti di quantità, incluso l'addensanteagar agar, in teoria nel mirino.
Infine, la normativa vieta l'uso di elementi per i quali la legge ha previsto un limite di quantità (tra cui va annoverato il lievito in polvere).
L'ordinanza è stata severamente criticata[14] da esperti del settore quali Dario Bressanini[15] e Davide Cassi[16], da Slow Food e infine da Nature, che l'ha definita "ascientifica" e "irrazionale"[17].