Il duca di Mercoeur si mise a capo della Lega cattolica in Bretagna e si proclamò protettore della Chiesa Cattolica Romana nella provincia nel 1588. Invocando antichi diritti ereditari di sua moglie, Nicoletta Balsy, che era una discendente dei duchi di Bretagna, cercò di rendersi indipendente in quella provincia organizzando un governo a Nantes, chiamando suo figlio "principe e duca di Bretagna". Con l'aiuto degli spagnoli sconfisse a Craon nel 1592 il duca di Montpensier, che Enrico IV di Francia gli aveva mandato contro; le truppe regie, con il supporto di contingenti inglesi, presto recuperarono il vantaggio. Il re marciò in persona contro Mercoeur e ricevette la sua resa il 20 marzo 1598. Il duca poi andò in Ungheria al servizio di Rodolfo II d'Asburgo e combatté contro i Turchi, prendendo Székesfehérvár nel 1599.
