Il campionato italiano di calcio di Eccellenza regionale 2012-2013 è il ventiduesimo organizzato in Italia. Rappresenta il sesto livello del calcio italiano.
Questo è il girone organizzato dal comitato regionale Puglia.
L'A.S.D. Libertas Noicattaro non si è iscritta al campionato di Eccellenza Puglia 2012-13, cedendo il titolo sportivo a un'altra società che lo ha rinominato "A.S.D. Libertas Molfetta". La compagine del Noicattaro si è quindi unita a quella della Puglia Sport Altamura, rinominatasi "A.S.D. Puglia Sport Noicattaro" che giocherà il campionato di Promozione Puglia 2012-2013.
L'A.S.D. San Paolo Bari ha cambiato denominazione in "A.S.D. Quartieri Uniti Bari".
Per approfondire sui ripescaggi, le penalizzazioni e le altre variazioni che hanno modificato alcuni verdetti, vedi la sezione "Aggiornamenti" nelle voci Eccellenza Puglia 2013-2014 e Promozione Puglia 2013-2014.
Legenda:
Promosso in Serie D 2013-2014.
Ammesso ai Play-Off o ai Play-Out.
Retrocesso in Promozione Puglia 2013-2014.
Promozione diretta.
Retrocessione diretta.
Note:
Tre punti a vittoria, uno a pareggio, zero a sconfitta.
Il Manfredonia poi vince i Play-off nazionali.
L'Atletico Tricase retrocesso direttamente (senza disputare i Play-out) a causa del distacco dal 12º posto superiore a 9 punti.
Il Real Racale è stato penalizzato con la sottrazione di 3 punti in classifica.
Lo spareggio tra Quartieri Uniti Bari e Manduria è stata disputata come eventuale finale salvezza nel caso in cui fosse retrocesso il Nardò dalla Serie D.