La diocesi fu eretta nel 1056. L'anno precedente, il 4 giugno 1055, fu consacrato a Brema il primo vescovo, Ísleifur Gissurarson. Questi pose la residenza vescovile nella fattoria di famiglia a Skálholt e vi istituì una scuola.
^Una diocesi luterana con lo stesso nome continuò ad esistere nella Chiesa nazionale d'Islanda fino al 1801 quando si fuse con l'altra che portava il titolo dell'antica diocesi di Hólar, in un'unica circoscrizione. Oggi i vescovi ausiliari della stessa portano i titoli di Skálholt e Hólar.