L'11 marzo 1561, con la bolla De statu ecclesiarum, papa Pio IV definì i confini della nuova diocesi, stabilì la suddivisione in decanati con le rispettive parrocchie e assegnò la dotazione per il mantenimento del vescovo.
Primo vescovo, presentato dal re ed accettato dalla Santa Sede, fu Guillaume de Poitiers, il quale tuttavia rinunciò all'incarico e non venne mai consacrato vescovo. Fu perciò nominato Gérard de Haméricourt, abate di San Bertino, antica abbaziabenedettina fondata nel VII secolo a Saint-Omer da sant'Audomaro, vescovo di Thérouanne.
Il vescovo Jacques Théodore de Brias, verso la fine del suo mandato (1775), istituì il seminario diocesano secondo i canoni e le regole stabilite dal concilio di Trento. Già in precedenza v'erano stati tentativi di istituire un collegio per la formazione dei preti, accanto ad un seminario provinciale a Cambrai. Ma questi tentativi non riuscirono a migliorare la formazione intellettuale e culturale dei sacerdoti di Saint-Omer. Il seminario fu poi organizzato dal vescovo Louis-Alphonse de Valbelle all'inizio del XVIII secolo; a questo vescovo si devono anche una serie di sinodi diocesani, la riforma del capitolo della cattedrale, la pubblicazione di un nuovo catechismo diocesano e l'istituzione dei ritiri per gli ecclesiastici.
^Nominato dal re di Spagna, venne rifiutato dal re di Francia, che nel frattempo si era reso signore di Saint-Omer. La sua nomina non arrivò mai a Roma.
^Vescovo di Tarbes, fu nominato dal re francese, ma non venne mai confermato dalla Santa Sede; amministrò tuttavia la diocesi come vicario generale (cfr. Bled, vol. II, p. 341). Nel 1684 fu nominato dal re arcivescovo di Auch, ma ricevette la conferma romana solo nel 1692 (cfr. Bled, II, pp. 367-368).
^Nominato dal re francese nel mese di giugno 1684, viene confermato dalla Santa Sede solo nel 1693.
(LA) Bolla Super universas, in Bullarum diplomatum et privilegiorum sanctorum Romanorum pontificum Taurinensis editio, Vol. VI, pp. 559–565
(LA) Bolla De statu ecclesiarum, in Johannes Franciscus Foppens, Miraei opera diplomatica et historica, Editio secunda, tomo II, Bruxelles, 1733, pp. 1298–1304
(LA) Bolla Qui Christi Domini, in Bullarii romani continuatio, Tomo XI, Romae, 1845, pp. 245–249
