Il 13 luglio 1945 cedette una porzione del suo territorio a vantaggio dell'erezione del vicariato apostolico del Labrador (in seguito divenuta diocesi di Labrador City-Schefferville).
Il 24 novembre dello stesso anno per effetto della bollaAd christifidelium bonum di papa Pio XII il vicariato apostolico si ampliò, incorporando una porzione di territorio che era appartenuta alla diocesi di Chicoutimi, e contestualmente fu elevato a diocesi, con il nome di diocesi del Golfo di San Lorenzo. In questa occasione la sede vescovile venne traslata da Havre-Saint-Pierre a Baie-Comeau, dove fu eretta a cattedrale la chiesa di Sainte-Amélie. Il vescovo Gérard Couturier, nominato a dicembre 1956, dette avvio alla costruzione della nuova cattedrale, dedicata a San Giovanni Eudes, nella località di Hauterive.
Il 29 febbraio 1960, con il trasferimento della sede vescovile da Baie-Comeau a Hauterive, la diocesi assunse il nome di "diocesi di Hauterive" (in latino: Dioecesis Altaripensis[1]), nome che manterrà fino al 14 luglio 1986, quando ha assunto il nome attuale, in seguito alla soppressione del comune di Hauterive e alla sua annessione a quello di Baie-Comeau.[2]
Il 31 maggio 2007 si è ampliata, includendo una porzione del territorio della diocesi di Labrador City-Schefferville, che è stata contestualmente soppressa.
Cronotassi dei vescovi
Si omettono i periodi di sede vacante non superiori ai 2 anni o non storicamente accertati.